ROSINSKÁ, M. Predikce vlivu mutací na stabilitu proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2024.
Začátek práce provázelo několik slepých uliček, ale nakonec se podařilo sestavit prediktor, který se svou přesností blíží očekávání. Výsledky práce (včetně slepých uliček) budou navíc zohledněny v dalších projektech Loschmidtových laboratoří. Navrhuji tedy výsledné hodnocení A .
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Informace k zadání | Jedná se o středně těžké až náročnější zadání. Studentka si musela mimo jiné nastudovat problematiku proteinového inženýrství a vliv mutací a fyzikálně-chemických vlastností aminokyselin na stabilitu proteinů. | ||
| Práce s literaturou | Studentka dostala k dispozici několik výchozích zdrojů. Ostatní zdroje si pak dohledávala samostatně. | ||
| Aktivita během řešení, konzultace, komunikace | Studentka byla po většinu roku aktivní a o postupu práce jsem byl průběžně informován. | ||
| Aktivita při dokončování | Technická zpráva byla zcela dokončena jen krátce před odevzdáním, nicméně měl jsem příležitost si detailně pročíst jednotlivé kapitoly a viděl jsem i plnou verzi. | ||
| Publikační činnost, ocenění | K projektu se neváže žádná přímá publikační činnost. Výsledky práce však budou zohledněny v dalších souvisejících projektech. Na jednom z nich se studentka rovněž podílela a je spoluautorkou článku "Anticipating protein evolution with successor sequence predictor", který byl již odeslaný na posouzení do Molecular Biology and Evolution (IF 10.7). |
Jedná se o velmi pěknou diplomovou práci, která se zabývá návrhem nového nástroje pro predikci vlivu mutace na stabilitu proteinu s využitím hlubokých neuronových sítí (DNN). Z provedených experimentů je zřejmé, že studentka věnovala této práci značné úsilí a snažila se nalézt co nejlepší model DNN. Ne všechny experimenty dopadly úspěšně, ale nakonec se podařilo nalézt originální řešení založené na předtrénované sítí ResNet50. Jedinou výhradu mám k textu technické zprávy, která by si zasloužila podrobnější popis zejména v praktické části. S ohledem na tyto skutečnosti a s přihlédnutím na velmi obtížné zadání hodnotím tuto práci stupněm velmi dobře (B) .
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Náročnost zadání | Cílem práce bylo vytvořit datovou sadu a nástroj pro predikci vlivu mutace na stabilitu proteinu. Zadání považuji za značně obtížné jelikož v této oblasti existuje větší množství velmi kvalitních nástrojů , ke kterým je složité se přiblížit, natož je v některém z parametrů překonat. | ||
| Rozsah splnění požadavků zadání | |||
| Rozsah technické zprávy | |||
| Prezentační úroveň technické zprávy | 70 | Struktura technické zprávy je v pořádku , podobně jako návaznost jednotlivých kapitol. Zejména teoretická část je velmi pěkně zpracovaná a pro čtenáře dobře čitelná a pochopitelná. U praktické části je situace o něco horší, rozsahově je menší a některé části textu by si zasloužili podrobnější popis, lepší vysvětlení, popř. doplnění o obrázky. | |
| Formální úprava technické zprávy | 90 | Text práce je napsán v anglickém jazyce na velmi dobré úrovni. Podobně i po typografické stránce není práci co vytknout. | |
| Práce s literaturou | 95 | Seznam literatury je tvořen primárně z kvalitních časopisecký publikací . Autorka používá odkazy na tuto literaturu vhodným způsobem a správně v textu odděluje vlastní přínos od převzatých informací. | |
| Realizační výstup | 90 | Výstupem práce je nový nástroj pro predikci vlivu mutace na stabilitu proteinu v jazyce python, využívající hluboké neuronové sítě (DNN) a framework keras. Autorka experimentovala s řadou různých DNN modelů, z nichž některé nedosahovaly uspokojivých výsledků. Pro výsledný nástroj byla nakonec vybrána zajímavá kombinace předtrénované konvoluční neuronové sítě ResNet50 s vlastní neuronovou sítí. | |
| Využitelnost výsledků | Jedná se o práci experimentálního charakteru . Vytvořený nástroj vykazuje na připravené datové sadě velmi zajímavé výsledky z pohledu přesnosti predikce. Pro ohodnocení přínosu a využitelnosti tohoto nástroje je však potřeba jej porovnat s konkurenčními nástroji , což se v rámci práce již nestihlo udělat. V každém případě se jedná o zajímavý koncept, na kterém je možné dále stavět a zdokonalovat jej. |
eVSKP id 154360