Posudky závěrečné kvalifikační práce

Posudek vedoucího

Španová, Alena

Studentka splnila požadavky zadání práce. Prokázala schopnost kvalitně zpracovat, interprertovat a diskutivat výsledky. Celkový přístup k řešení úkolů byl velmi dobrý.

Dílčí hodnocení
Kritérium	Známka	Body	Slovní hodnocení
Závěry práce a jejich formulace	A
Splnění požadavků zadání	A
Studium literatury a její zpracování	B
Využití poznatků z literatury	B
Kvalita zpracování výsledků	A
Interpretace výsledků, jejich diskuse	A
Využívání konzultací při řešení práce	B
Celkový přístup k řešení úkolů	B

Navrhovaná známka: B

Posudek oponenta

Trachtová, Štěpánka

Tématem předkládané diplomové práce je identifikace bakterií druhu Lactobacillus acidophilus v probiotických výrobcích, konkrétně v probiotických doplňcích stravy. Autorka v rámci předkládané práce přehledně shrnula problematiku bakterií mléčného kvašení a probiotik, zejména jejich využití a metody identifikace. Snahu proniknout do této problematiky autorka prokázala velmi obsáhlým literárním přehledem za využití aktuální literatury. Práce je velmi dobře rozvržena a zpracována zejména po odborné stránce, výsledky jsou přehledně zpracovány ve formě tabulek, stejně tak i závěr práce je velmi jasně a výstižně formulován. Autorka zvládla velké množství experimentálních činností, čímž prokázala schopnost samostatné vědecké práce. Bohužel úroveň práce velmi snižuje její formální stránka. Autorka opomenula doporučená typografická pravidla pro zpracování vysokoškolských kvalifikačních prací na FCH VUT v Brně a další dokumenty, které udávají formální náležitosti akademických prací (Směrnice rektora 9/2007, Směrnice rektora 2/2009). Kromě překlepů a typografických chyb je velkým nedostatkem zejména zvolený způsob uvedení citované literatury. I přes uvedené nedostatky doporučuji diplomovou práci k obhajobě a hodnotím ji „známkou velmi dobře“/B. Poznámky: 1. Rozsah předkládané práce je 98 stran, přičemž skutečný počet stran při respektování výše zmíněné metodiky je 115 (chybí číslování stránek obsahujících abstrakt, prohlášení a obsah). Práce by měla přitomto počtu stránek být vytištěna oboustranně. 2. Členění samotné práce neodpovídá doporučenému rozdělení, chybí kapitola Experimentální část. V obsahu není uvedena kapitola 10 Seznam zkratek. 3. Umístění čísla stránek by mělo být na pravém okraji stránek, nikoli ve středu. 4. Největším nedostatkem práce jsou citace použité literatury, které v textu práce začínají citací č. 57. Autorka nedodržela základní pravidla pro použití citací v textu, tedy, že citace jsou uvedeny od čísla 1 ve vzrůstajícím sledu. Celkově jsou v práci použity číselné citace v hranatých závorkách, ale v seznamu literatury není toto znační dodrženo a citace jsou řazeny dle abecedy. Na str. 23 chybí [ ] u citace. 5. V kapitole 6 a 7 nejsou dodržena typografické pravidla pro psaní bakteriálního rodu a druhu. 6. Popis obrázků má být dle pravidel uveden pod obrázkem. V práci je uveden nad ním. Formát písma neodpovídá zadaným pravidlům. 7. Seznam zkratek je neúplný, chybí PEG, CIZ, FAO/WHO, EFSA. 8. Tabulky od str. 15 dále neodpovídají formátově tabulkám v předchozí části práce. 9. Není vhodné používat [ ] v textu, viz kapitola4.2, 4.4 a 4. 5. 10. Značení použitých magnetických nosičů je uvedeno chybně P(HEMA-co-GMA). 11. V textu mi chybělo vyjádření k čistotě izolované DNA. I přes rozsáhlý komentář v kapitole 7.4 (str. 86) není vyvozen žádný závěr, zda byla připravená DNA čistá, případně proč tomu tak nebylo a jaký to může mít vliv na výsledky stanovení. 12. Chybí odkaz na původní zdroje použitých primerů pro PCR od str. 57 dále. V kapitole 7.6 na str. 87 neodpovídá uvedená citace původní práci publikující sekvenci použitých primerů. Vždy je nutno citovat původní práci.

Dílčí hodnocení
Kritérium	Známka	Body	Slovní hodnocení
Splnění požadavků zadání	A
Logické členění práce	A
Kvalita zpracování výsledků	A
Interpretace výsledků, jejich diskuse	A
Využití literatury a její citace	C
Úroveň jazykového zpracování	A
Formální úroveň práce – celkový dojem	C
Závěry práce a jejich formulace	A

Navrhovaná známka: B

Otázky

1. Co znamenají záporné hodnoty u absorbance při vlnové délce 230 nm v tabulce 25 na str. 51?
2. Jak si vysvětlujete rozdílnou citlivost detekce PCR v případě použití primerů pro doménu Bacteria, rod Lactobacillus a druh Lactobacillus acidophilus? Uveďte, jak lze ovlivnit (zvýšit) citlivost PCR.
3. Na str. 21 uvádíte, že výtěžek DNA získané technikou magnetické separace je vysoký. V porovnání s čím? Toto Vaše tvrzení je v rozporu se informacemi uvedenými v kapitole 7.8, kde jako jeden z důvodů detekce rozdílného množství PCR produktu uvádíte izolaci velmi malého množství DNA. Vysvětlete prosím tento rozpor.
4. Jak si vysvětlujete, že izolací ze stejných hrubých lyzátů bylo u stejných výrobků získáno rozdílné množství DNA (Tabulka 31)?
5. V závěru uvádíte, že metoda identifikace není v současné době dostatečně robustní pro rutinní využití. Krátce prosím shrňte, co Vás k tomuto závěru vedlo, a pokuste se nastínit další postup, který by vedl k tomu, aby toto využití bylo možné.