JIRÁSKOVÁ, K. Metody rekonstrukce fylogenetických superstromů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2012.
Studentka ve své práci vypracovala přehlednou literární rešerši základních přístupů konstrukce fylogenetických superstromů. Prakticky realizovala tři modifikace metody založené na průměrování shody ve vzdálenostních maticích. Úspěšnost metod testuje na vlastním zvoleném souboru dat a srovnává s klasickou fylogenetickou analýzou. Podle teoretických předpokladů ovšem vychází pouze metoda ultrametrická, ostatní metody vnášejí do analýzy artefakty, což se studentce nepodařilo zcela odstranit. Přes tyto nedostatky lze zadání práce považovat za splněné. Výsledky jsou názorně diskutovány a práce demonstruje nedostatky klasických fylogenetických stromů, které se pomocí superstromových technik částečně podařilo odstranit. Po formální stránce je práce až na drobné překlepy na velmi dobré úrovni. Studentka přistupovala k práci aktivně a pravidelně využívala konzultací. Vytýkám pouze nedostatečnou míru vlastního přístupu a nepříliš kompaktní programovou realizaci práce.
Studentka Kristýna Jirásková se ve své práci zabývala možností využití bioinformatických metod pro tvorbu fylogenetických stromů popisujících evoluční vztahy mezi příbuznými organismy. Podle zadání se zabývala konstrukcí superstromů, které mají potenciál odstranit některé nedostatky klasické molekulárně-biologické fylogenetiky. Podle pokynů vedoucího práce realizovala vybrané metody a v souladu se zadáním zhotovila program včetně grafického ovládacího prostředí. Metody byly ověřeny na množině organismů reprezentovaných sekvencemi proteinu MT - ND1. Práce obsahuje ve své první části přehledný a dostatečný popis molekulární znaků organismů a základů konstrukce fylogenetických stromů. V druhé části je uveden návrh metod pro konstrukci superstromů, popis testovacích dat, popis realizovaného programu a výsledky experimentů s diskusí. K práci nemám žádné závažné výtky. Formálně práce obsahuje menší nepřesnosti v definici některých pojmů a tendence k porovnávání metod vágními nekvantifikovanými výroky. V práci je bez vysvětlení použit pojem "skórovací matice" a zkratka PAM80 bez definice. Oceňuji přehledné členění práce a vhodné oddělení obecně známých faktů nebo publikovaných metod od vlastního řešení. Lze konstatovat, že práce představuje solidní inženýrské řešení včetně ověření a diskuse dosažených výsledků. Práce je zdařilá a výsledky jsou užitečné. Studentka splnila zadání a dosáhla vytčených cílů.
eVSKP id 51842