HAVLÍČKOVÁ, A. Využití pokročilých technik elektronové mikroskopie při ultrastrukturní analýze mikrobiálních buněk a produktů mikrobiálních technologií [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2024.

Posudek vedoucího

Krzyžánek,, Vladislav

Diplomová práce Anny Havlíčkové s názvem "Využití pokročilých technik elektronové mikroskopie při ultrastrukturní analýze mikrobiálních buněk a produktů mikrobiálních technologií" se věnuje komplexní analýze bakteriálních buněk pomocí metod elektronové mikroskopie, kde studentka úspěšně vyzkoušela chemické i kryogenní techniky přípravy vzorků. Studovanými vzorky nebyly jen čisté bakteriální kultury, nýbrž i zgelované, tj. bakterie enkapsulované v hydrogelu, což značně zkomplikovalo přípravu vzorků. Studentka pracovala samostatně a s vysokým nasazením, naučila se pracovat s pokročilými mikroskopickými metodami, porozuměla principům daných technik a vyzkoušela si chemickou i kryogenní přípravu biologických preparátů pro elektronovou mikroskopii. Práci mohu vytknout jen zpracování rešerše o elektronové mikroskopii (odst. 2.2), kde studentka nevyvážila jednotlivé pasáže (některé části popisuje příliš podobně), některé formulace jsou podané nepřesně. Částečně je to způsobeno použitím i starší literatury, což však nijak neovlivnilo experimentální část. Naopak musím v práci vyzdvihnout, že kromě zvládnutí mnoha často náročných technik, studentka navrhla a úspěšně otestovala alternativní přístup přípravy enkapsulovaných bakterií. Její výsledky s velkou pravděpodobností budou využity jako podklad pro vypracování publikace v zahraničním časopise s IF. Předloženou práci považuji za velmi přínosnou, přináší zajímavé výsledky, které budou využity v rámci řešení projektu GAČR. Proto práci doporučuji k obhajobě a navrhuji hodnocení A.

Posudek oponenta

Sedláček, Petr

Bc. Anna Havlíčková se v předložené bakalářské práci zaměřila na pokročilé techniky ultrastrukturní analýzy biologických vzorků pomocí elektronové mikroskopie. Práce je metodologicky zaměřená, vznikla v rámci intenzivní spolupráce s externím pracovištěm (Ústav přístrojové techniky AV ČR) a jako taková bezesporu nese příslib výrazného rozšíření výzkumných kompetencí FCH na poli morfologické a strukturní analýzy buněčných systémů a biomateriálů. Zároveň dle mého názoru dobře koresponduje se zaměřením studijního programu autorky, neboť rozšiřuje teoretické poznatky autorky o relevantní experimentální dovednosti (analýza biologických vzorků) i odborné poznatky (péče o zdraví člověka skrze snahu o podporu kvality půdy a životního prostředí). Práce má standardní rozsah (47 stran textu bez formálních částí, seznamu referencí a příloh) a klasické členění. Také množství citovaných literárních zdrojů (71 převážně časopiseckých referencí) splňuje nároky kladené na daný typ absolventské práce. Stylisticky má práce velmi dobrou úroveň, je srozumitelná a čtivá. O pečlivosti autorky svědčí také zcela zanedbatelné množství gramatických, formálních a formulačních chyb (viz níže). Po stručném úvodu, v němž autorka zasazuje metodologické zaměření práce do kontextu vývoje biohnojiv jako moderního trendu v rámci technologií udržitelného zemědělství, se v teoretické části podrobně zaměřuje na dva hlavní aspekty tématu: na představení bakterií podporující růst rostlin a popis jejich biologické aktivity, a především na teoretické základy technik elektronové mikroskopie, a to včetně podrobného představení současného stavu poznání v oblasti aplikace těchto technik na analýzu biologických vzorků. Hlavní devízou předložené práce je bezesporu její praktická část. Je třeba říci, že experimentální cíl práce - současná vizualizace struktury mikrobiálních buněk i alginátové sítě připravených gelových materiálů - byl velice ambiciózní. Nicméně není sporu o tom, že si diplomantka s tímto náročným úkolem poradila velmi dobře. Při popisu experimentálních činností a prezentaci získaných obrazových dat studentka jednoznačně prokázala technickou kompetenci v rámci všech nově osvojených experimentálních činností (příprava biologických vzorků a jejich analýza pomocí cryoSEM a STEM), při interpretaci obrazových výstupů a jejich konfrontaci s publikovanými poznatky zase projevila svoji odbornou erudici v oblasti popisu mikrostruktury bakteriálních buněk. Práce tak přináší celou řadu nových originálních poznatků nejen v oblasti metolologie EM (např. možnost nahrazení standardně používaného kakodylanového pufru při chemické fixaci vzorku za jeho šetrnější alternativu), ale také nové strukturní informace o studovaném bakteriálním kmenu (A. vinelandii) a jeho gelových nosičích. Předloženou diplomovou práci Bc. Anny Havlíčkové vzhledem k výše uvedenému považuji za velmi kvalitní dílo, které představuje jednoznačný přínos pro současný stav poznání a odrazový můstek pro další rozvoj kompetencí domácího pracoviště autorky v oblasti ultrastrukturní analýzy mikrobiálních buněk a gelových biomateriálů. Všechny cíle definované v zadání práce považuji za zcela splněné a práci hodnotím stupněm „Výborně (A)“. Formální připomínky a nevhodné formulace: - str. 8: Chybí odkaz na komentovaný zdroj (Status of the World’s Soil Resources). - str. 10, odst. 3, ř. 2: Chybí čárka („…jako je živec.“). - str. 14: Obrázky je nutné řadit dle pořadí odkazů v textu (Obr. 5 Obr. 3,…). - str. 15: Proč je kyselý vodík na Obr. 4 zobrazen jiným fontem? - str. 17: Nemá být „aperturní úhel čočky“ namísto „aparaturní úhel čočky“? - str. 22: „…skokovém zlepšení vakua…“ - str. 33: Tab. 3 – nevhodné vertikální zarovnání sloupce „Zástupce A. vinelandii“ (není jasné, které činidlo náleží ke kterému kmeni. - str. 35: „…v řadě rostoucích koncentracích…“ - str. 46: „…na hydrogelu síťovaného…je vidět…“

eVSKP id 156640