VANCOVÁ, K. Detailní analýza genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přesosu genů u zástupců anaerobních bakterií [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
Bakalářská práce Kateřiny Vancové se zabývala detekcí genů kódujících rezistenci na antibiotické a biocidní látky a těžké kovy a jejich možnosti přenosu mezi bakteriemi pomocí genetických mobilních elementů. Práce je to aktuální, rezistence mikrobů na antibiotika a chemoterapeutika představuje závažný problém humánní i veterinární medicíny, který v celé řadě případů znemožňuje použití kauzální terapie. Je to důsledek stále častějšího používání antibiotik a schopnosti bakterií se adaptovat na změněné podmínky prostředí. Předmětem práce tedy byla detailní analýza genomů izolovaných z bakterií střevního mikrobiomu hospodářských zvířat. Studentka vypracovala literární rešerši a zvolila vhodné databáze pro detekci hledaných genů, unifikovala výsledky různých přístupů u pěti vyhraných genomů a zvolila postup pro analýzu další cca 450 genomů. Studentka pracovala samostatně a splnila zadání bakalářské práce. Nicméně jisté nedostatky se v práci objevují, největším nedostatkem je nedodržení FAIR principů, zvláště reprodukovatelnosti výsledků na základě předložených dokumentů. Proto navrhuji známku E, 58 bodů.
Studentka Kateřina Vancová se v rámci bakalářské práce zabývala studiem detailní analýzy genů rezistence na antibiotika a těžké kovy a znaků horizontálního přenosu genů u zástupců anaerobních bakterií. Téma práce je velmi aktuální pro vědecko-výzkumnou oblast. V teoretické části práce se studentka věnuje horizontálnímu přenosu, antibiotické rezistenci a rezistenci na těžké kovy. V první části práce studentka popisuje mechanismy přenosu genetické informace, kde se zaměřuje především na horizontální genetický přenos. V druhé části práce studentka popisuje potřebnou teorii k pochopení problematiky antibiotické rezistence u bakterií. Teoretická část práce však postrádá logické členění, aby na sebe kapitoly navazovaly a působily uceleně. Závěrečná část teoretické práce spíše připomíná rychlý přehled různých nástrojů a online databází. Obtížnost pochopení textu této bakalářské práce také způsobuje značné množství překlepů vyskytující se napříč celou prací jako např. přesusu, inaktivivány, pakaryot apod. Studentka se v rámci teoretické práce zaměřila i na důkladný popis nástrojů a databází související s mobilními genetickými elementy. Bohužel, některé tyto nástroje, které studentka popisuje souvisí s rostlinnými daty jako je cizrna, či s jehličnany. Což v rámci bakalářské práce, která se zabývá detekci antibiotických rezistencí v rámci bakterií nepovažuji za vhodné. V rámci typografických nedostatků práce také obsahuje v textu popis obrázku 1.4.1 , 1.4.2 a podobné, které se ale v práci nenachází a některé zkratky a akronymy jsou vysvětleny až při druhém použití (př. SNP) nebo vůbec (př. mMGE). V praktické části práce studentka popisuje vypracování výsledků testováním dostupných databází a implementací vlastních naprogramovaných skriptů v jazyce Python. Popis implementace je z části popsán v rámci kapitoly Detekce a charakterizace genů rezistence. Tato kapitola ale z větší části znovu obsahuje spíše teoretický popis jednotlivých nástrojů, a chybí zde bližší popis vypracovaných skriptů a použitého datasetu. V práci je sice uvedeno, že detailní popis bakteriálních izolátů je uveden v rámci souboru ‘bakterialni_izolaty.csv v elektronické příloze’, avšak v rámci elektronické přílohy tento soubor chybí. V praktické části mám poté i výtku k slabé dokumentaci jednotlivých kódů, kdy funkce jsou popsány velmi neurčitě např. ‘ funkce provádí analýzu různých hodnot …‘ v komentářích bohužel následně chybí vysvětlení o jaké různé hodnoty se vlastně jedná. Celkově práce má velmi slabé propojení elektronických příloh s textem práce – např. chybí seznam elektronických příloh nebo soubor READme.txt, aby uživatel byl schopen snadno zreplikovat výsledky, či skripty použít pro nové datové sady. Přes všechny tyto uvedené výtky práce je napsána na 49 stran textu, obsahuje 49 kvalitních literárních zdrojů a dokládá naprogramované skripty pro bakteriální analýzu. Lze tedy konstatovat, že zadání práce je splněno. Práci doporučuji k obhajobě, nicméně kvůli značnému množství nedostatků hodnotím stupněm E - 55 bodů.
eVSKP id 153831