DZURČANINOVÁ, N. Stanovení profilu antibiotické rezistence u hybridně sestavených bakteriálních genomů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
Bakalářská práce Natálie Dzurčaninové se zabývá vytvořením profilů antibiotické rezistence u hybridně sestavených genomů. Teoretická část práce je obsáhlá a je v ní zahrnuta potřebná teorie, což se bohužel již nedá říci o části praktické. Popis identifikace plazmidů je velmi stručný a je třeba doplnit. V další části je popsáno použití 3 nástrojů pro hledání genů rezistence, ale nejsou zde přiloženy žádné výsledky (např. kolik genů našly jednotlivé nástroje pro analyzované genomy, zda je gen na plazmidu nebo chromosomu). Dále zde postrádám profily rezistence, které studentka píše, že vytvořila (kap. 4.6.4). Není tedy vyhodnoceno, zda genomy mající stejný sekvenční typ mají i stejné geny rezistence či nikoliv, k čemuž měla tato práce dospět. Závěr je příliš stručný. Oceňuji, že studentka psala práci v angličtině, nicméně místy jsou voleny ne příliš vhodné výrazy. V textu se vyskytují překlepy, geny nejsou psány kurzívou, některá slova jsou červenou barvou, nefungují odkazy, některé obrázky by zasloužily upravit. Studentka během semestru práci nekonzultovala, s prvními otázkami se ozvala až týden před odevzdáním. Práce tedy byla patrně vypracována v časovém presu, což se projevilo na její kvalitě. Z uvedených důvodů nepovažuji 5. bod zadání za splněný, 4. bod je splněn z časti. Práci tedy doporučuji k přepracování a k obhajobě v nejbližším možném termínu a hodnotím stupněm F/48 bodů.
Studentka Natália Dzurčaninová vypracovala svou bakalářskou práci na téma vyhodnocení profilu antibiotické rezistence z celogenomových bakteriálních sekvencí získaných náročným hybridním sestavením genomů ze dvou sekvenačních technologií. Rozsah práce 49 stran od úvodu po závěr je nadprůměrný a je podložen 61 kvalitními výlučně zahraničními literárními zdroji. Teoretická část práce je logicky řazená a obsahově přiměřená. První část praktické realizace práce zabývající se předzpracováním sekvenačních dat, hybridním sestavením genomů, reorganizací genomů i identifikací genomické a plasmidové DNA je na velmi dobré úrovni. Postup je systematický, dobře vysvětlený, doplněný o ukázky mezivýsledků a může sloužit jako praktický úvod do nesnadné problematiky hybridního sestavování genomů. O to nedostatečněji však působí druhá část práce zabývající se detekcí genů rezistence pomocí tří veřejně dostupných nástrojů. V této kapitole zcela chybí výsledky jednotlivých nástrojů, i souhrnné statistiky, které by prokazovaly slovní zhodnocení souvislostí mezi profily rezistencí na nich založených. Srovnání výsledků nástrojů, které jak sama studentka uvádí jsou interpretovány ve značně odlišné formě, by vyžadovalo návrh metodiky vyhodnocení shody výstupních datasetů. Vyhodnocení cgMLST fylogenetického stromu je realizované komerčním nástrojem bez podrobnějšího popisu realizace (např. volby vzdálenostní metriky) a bez srovnání s jinými výsledky (požadovaný wgMLST fylostrom není obsažen). Práce tak působí nedokončeně, což podporuje i řada formátovacích nedostatků plynoucích zřejmě z nedostatečné finální kontroly dokumentu např. chybějící kurzíva u latinských názvů mikroorganismů, nebo odkazy na tabulky výsledků, které neexistují (tab. XYZ v závěru). Přestože tedy považuji práci za náročnou a první část předzpracování je velmi kvalitní, poslední dva body zadání jsou splněny jen částečně nebo vůbec a proto hodnotím práci jako nedostatečnou, stupněm F – celkem 45 bodů.
eVSKP id 150798