KAISER, M. Využití průmyslové rentgenové počítačové mikrotomografie ve vývojové biologii [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrství. 2018.

Posudek vedoucího

Novotná, Marie

Studentka Bc. Markéta Tesařová se ve své diplomové práci zabývá použitím průmyslové rentgenové počítačové mikrotomografie ve vývojové biologii. Tato nedestruktivní metoda umožňující 3D zobrazení objektů nalezla široké uplatnění v mnoha průmyslových odvětvích, ale nabízí také zcela nové možnosti ve studiu rozličných biologických struktur. Z tohoto důvodu je toto téma velmi aktuální. Studentka se ve své práci zabývá komplexním procesem zahrnujícím nejen přípravu vzorku a vlastní měření, ale zejména se soustřeďuje na zpracování a analýzu tomografických dat. Diplomová práce je rozdělena do 6 kapitol. V prvních třech kapitolách jsou shrnuty teoretické základy, které ale autorka dále doplňuje vlastními výsledky a poznatky, například podrobným popisem artefaktů měření nebo postupy přípravy biologických tkání pro mikrotomografická měření. Čtvrtá kapitola je zaměřena na optimalizaci parametrů laboratorního CT zařízení za účelem zvýšení kvality dat. V páté kapitole je detailně popsáno zpracování tomografických dat a jejich následná analýza. V první fázi jsou testovány různé programy pro segmentaci dat. Následně je popsána tvorba 3D modelů na příkladu myších embryí, které jsou následně analýzovány z různých pohledů: např. tloušťka stěn nebo porovnání tvarů. V poslední kapitole jsou uvedeny výsledky měření, které autorka získala během studijního pobytu na synchrotronu Elettra v Itálii. Jedná se o studium biologických tkání salamandrů, kde je dosaženo rozlišení na buněčné úrovni. Diplomová práce je napsána velmi přehledně a může sloužit jako manuál pro každého, kdo by se danou problematikou chtěl zabývat. Většina měření probíhala v laboratoři na CEITEC VUT, jíž se studentka díky nadstardnímu přístupu k práci, samostatnosti a vlastní invenci stala nedílnou součástí. Aktivně komunikuje se zahraničními spolupracovníky – vývojovými biology a samostatně navrhuje nové postupy v oblasti analýzy tomografických dat. Výsledky její práce již byly publikovány ve významných zahraničních časopisech jako Science Advances, Journal of Instrumentation (IF 1,2) a eLife (IF 7,7). Markéta Tesařová byla také velmi úspěšná na mezinárodní soutěži v italské Varenně, kde získala cenu za nejlepší poster na konferenci týkající se zobrazovacích metod. Diplomová práce beze zbytku splňuje určené cíle, a proto ji doporučuji k obhajobě!

Posudek oponenta

Křivánek,, Jan

Studentka Bc. Markéta Tesařová k závěru svého magisterského studia předkládá nadstandardní diplomovou práci psanou v anglickém jazyce, která v mnoha ohledech převyšuje podmínky stanovené k dokončení této úrovně vzdělání a svou formou někdy spíše připomíná práci disertační. Práce zaujímá 59 stran včetně několika přehledných schémat a řady experimentálních výsledků, které obohacují pole využití metod počítačové tomografie na biologických vzorcích. Součástí práce jsou 4 spoluautorské publikace, na nichž se studentka podílela. V rámci publikací studentka prokázala nejen schopnost zapojit se do aktivního vědeckého života, ale stala se i plnohodnotnou členkou mezinárodního výzkumného týmu, s nímž úspěšně publikovala dvě práce v odborných vědeckých časopisech s impakt faktorem. Práce je přehledně členěná a může posloužit jako užitečný manuál pro pracovníky mající v úmyslu používat metodu počítačové tomografie ve svém výzkumu. K práci nemám po formální ani faktické stránce téměř žádné výtky. V kapitole o komplementárních metodách se vyskytuje pár zanedbatelných nepřesností ohledně konfokální mikroskopie, ale poněvadž se jedná o okrajové téma v rámci práce, považuji je za zanedbatelné. Přesto dávám autorce možnost tuto metodu přesněji popsat v položených otázkách. Celkově hodnotím práci vysoce nadprůměrně a myslím si, že by mohla posloužit jako excelentní vzor pro další studentky a studenty jejího oboru. Práci jednoznačně doporučuji k obhajobě!

eVSKP id 109020