VLACHYNSKÁ, A. Metody pro obrazovou analýzu populace fotosyntetických buněčných kultur [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Posudek vedoucího je přiložen v souboru.
Předložená diplomová práce Bc. Alžběty Vlachynské se zabývá metodami pro obrazovou analýzu populace fotosyntetických buněčných kultur s cílem automatického stanovení počtu buněk ve vzorku s využitím obrazů pořízených pomocí konfokálního fluorescenčního mikroskopu. Práce má 80 stran rozdělených do osmi kapitol, včetně seznamu obrázků, tabulek, použitých symbolů a příloh, obsahuje 51 obrázků a 5 tabulek, přičemž je podložena 28 referencemi. Některé z těchto odkazů jsou odkazy na internetové zdroje, které nejsou standardně považovány za relevantní zdroj odborných informací. Příloha obsahuje program, jehož funkcionalita je vyhovující a ovládání intuitivní. Další součástí příloh jsou všechny použité funkce spolu s pokyny po jejich použití a dále samotné zdrojové snímky z konfokální mikroskopu, které byly použity pro analýzu vyvinutým programem. V první sekci teoretické části autorka stručně charakterizuje fotosyntetické organismy s detailnějším popisem vlastností tří studovaných buněčných kultur. Ve druhé sekci je uveden stručný popis a princip fluorescenční a konfokální mikroskopie. Závěrečná teoretická sekce je věnována teorii číslicového zpracování obrazu se zaměřením na konkrétní využití analytické metody zahrnující potlačení šumu, segmentaci a úpravu segmentovaného obrazu pomocí morfologických operací. V experimentální části se autorka zaměřuje na vývoj algoritmu pro počítání buněk, jeho následnou implementaci ve vývojovém programovacím prostředí MATLAB a aplikaci na konkrétních měřených biologických vzorcích. Na práci oceňuji zvládnutí komplexní problematiky, logickou návaznost jednotlivých kroků a naplnění obsahu všech vytyčených cílů práce, které byly v úvodu jasně definovány. Po formální, i obsahové stránce je předložená práce vypracována kvalitně, je přehledná a srozumitelná bez závažných gramatických a syntaktických chyb, jen s minimálním množstvím překlepů či nesrovnalostí. Jsou to například SPECIFIKACE kultivačního média (str. 80) je označená jako Obr. B.1, přičemž v textu na str. 14 se autorka odkazuje na tabulku B.1. V textu se nachází několik formulačních nepřesností typu "peak" namísto správného "vrchol, nejvyšší bod či maximum" nebo neodborný výraz "kopeček funkce" (str. 50). Metody zpracování jsou adekvátní a jejich použiti je korektně vysvětleno s ohledem na stanovené cíle práce. Dosažené výsledky jsou stručně shrnuty v závěrečné diskusi, kde oceňuji kritické zhodnocení vlivu vstupních dat a segmentačních technik na získané výsledky. Předlořená diplomová práce splňuje podmínky kladené na tento druh kvalifikační práce a doporučuji ji k obhajobě. Připomínky, které uvádím v posudku, nesnižují kvalitu posuzované práce a navržená metoda analýzy 3D obrazových dat má potenciál být využita ve více projektech řešených na Oddělení adaptivních biotechnologii, Centra výzkumu globální změny AV ČR.
eVSKP id 84460