BABINEC, M. In silico model působení patogenního viru na imunitní systém [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2025.
Marek Babinec se ve své práci věnoval modelování vlivu patogenního viru na imunitní systém. Jedná se o náročné téma, které považuji za splněné nad rámec požadovaných standardů pro bakalářské práce. Navrhuji hodnocení: A / 92 bodů. Teoretická část je pečlivě zpracovaná a svědčí o důkladném nastudování problematiky jak z biologického hlediska (imunitní systém), tak z technického hlediska (dynamické modelování včetně použitých technik a nástrojů). Téma přesahuje rámec běžné náplně bakalářského studia. Oceňuji zvláště krok vyhledávání parametrů modelu, jejichž výběr student řádně odůvodnil – jde o časově náročný úkol, který vyžaduje důkladně porozumění tématu. Praktická část je rovněž kvalitně zpracovaná. Pozitivně hodnotím výběr a důkladné nastudování zvoleného nástroje, volbu dat pro validaci a věcně podložené zhodnocení výsledků v diskuzi. Student pracoval samostatně a iniciativně, své výsledky průběžně konzultoval a vždy zohlednil připomínky. Výstupy práce jsou přehledně dokumentovány, včetně návodu k použití modelu a nástroje (viz příloha). Po formální stránce je práce na velmi dobré úrovni. Text je psán srozumitelně a v anglickém jazyce, což přispívá k širší využitelnosti výsledků. Práce je podložena širokou škálou kvalitních odborných zdrojů – drobným nedostatkem je ne vždy jednotný citační styl.
The submitted bachelor’s thesis by Marek Babinec explores the topic “In silico model of a pathogenic virus affecting the immune system.” The thesis presents a well-executed project that applies computational modelling to simulate interactions between the Mpox virus and the human immune system. The student shows a solid understanding of both the biological background and modelling techniques. The thesis is clearly structured and features a comprehensive literature review, detailed model development, and a thoughtful presentation of results. The literature review is well written and draws on a wide range of sources. Developing a hybrid Cellular Potts Model using CompuCell3D is an impressive achievement at the bachelor’s level. Overall, the thesis is well presented, though the writing could benefit from further proofreading, and certain aspects of the work could be clarified. One area for minor improvement is achieving a better balance between the biological background and the discussion of modelling results. While the background section is thorough, the interpretation of the model outputs could be expanded to better highlight the model’s contributions. The thesis also includes a solid attempt at quantitative validation by comparing model predictions with clinical data from published Mpox studies, which increases confidence in the model’s accuracy and relevance. Inclusion of sensitivity analysis could further strengthen the model by highlighting the impact of key parameters and addressing the observed discrepancy. Overall, the thesis successfully meets the objectives of the study.
eVSKP id 167499