STAREČKOVÁ, T. Využití odpadních surovin k produkci obohacené kvasinkové biomasy [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2011.
Studentka odevzdala finální verzi disertační práce v průběhu řádné doby tříletého prezenčního studia. V průběhu DSP absolvovala ing. Starečková zahraniční stáž v rámci programu Erasmus na Universitě v Lundu (Švédsko), kde se věnovala části experimentů. K řešení teoretické i experimentální čáti práce i ke zpracování výsledků přistupovala studentka samostatně, iniciativně a projevovala tvůrčí přístup. V rámci experimentálně rozsáhlé a velmi náročné práce zvládla řadu metod od kultivačních technik a práce s mikroorganismy přes extrakce, chromatografické a elektroforetické metody až po specifické genové technologie řešené na zahraničním pracovišti. Celkově studentka prokázala značnou schopnost samostatného řešení experimentálních problémů, zájem o řešenou problematiku, schopnost hodnocení výsledků a interpretace i diskuse dat. Projevovala rovněž potřebnou laboratorní zručnost, flexibilitu a schopnost přizpůsobit se práci v zahraničním týmu. Výsledky získané v průběhu řešení disertační práce byly nebo jsou přijaty k prezentaci ve formě 4 publikací v odborném časopise s IF, 4 příspěvků ve sbornících s plným zněním textu a 15 abstraktů z převážně mezinárodních konferencí. V roce 2010 získala ing. Starečková (dříve Dvořáková) grant v sekci G4 FRVŠ, v průběhu studia absolvovala i několik specializovaných odborných kurzů. Vzhledem k výše uvedeným skutečnostem hodnotím celkovou aktivitu studentky kladně, disertační práci doporučuji k obhajobě a v souladu s příslušnými pravidly doporučuji po úspěšném obhájení udělení vědecké hodnosti Ph.D.
Oponentský posudek disertační práce Ing. Terezie Dvořákové „Využití odpadních surovin k produkci obohacené kvasinkové biomasy“ Doktorská práce Ing. Terezie Dvořákové je zaměřena na sledování využitelnosti odpadních surovin k přípravě mikrobiální biomasy za současné produkce speciálních chemikálií. V úvodní části práce jsou na téměř 30 ti stránkách na jedné straně uvedeny až příliš podrobné údaje (s ohledem na téma disertační práce) týkající se obecné cytologie a morfologie kvasinek, na druhé straně zde chybí jakékoliv informace o účinku mutagenů na eukaryotní mikroorganismy, či o isolaci enzymů z plísní, o kterých se dále disertantka zmiňuje v metodice. V kap. 2.4.2 by bylo dobré uvést strukturu ergosterolu. V kap. 2.4.5 Kvasinková DNA, nejsou uvedeny dostačující informace. Kap.2.4.5.1 Izolace intaktní chromozomální DNA – Jak se převádí DNA do agarových bločků? Kap. 2.5: Z jaké publikace byl převzat obr. 15? , Tab.3: Šťáva z hroznů, hroznový mošt – jaký je mezi nimi rozdíl? To by měl být odpadní substrát pro výrobu karotenoidů? Z celkového počtu uvedených citací (cca 150) se 30 týká odborných knih, ale není jasné, jakou část knihy autorka použila. Lze jen těžko předpokládat, že uvádí v disertaci informace z celé knihy (chybí kapitola, autor event. stránky). Dále jsem našla v citacích několik překlepů (např. Saccharomyces cerevisiae x Sacharomyces ceregvisiae, Biotechnology x Bitechnology). Jinak uvedený výčet literatury svědčí o důkladné přípravě disertantky a o její schopnosti orientovat se v dané problematice. Metodická část je velmi rozsáhlá. Disertantka uvádí několik desítek metod a postupů mikrobiologického, biochemického a molekulárně biologického původu. Ovšem účelnost jejich využití pro vyřešení zadaného problému je diskutabilní. Např. V metodické části jsou uvedeny plísňové kmeny, které byly použity pro přípravu extracelulárních enzymů, ale žádná metodika o přípravě enzymů uvedena není. Jak byly tedy enzymy připravovány či používány? V odstavci chemikálie pro PCR a přečištění vzorků není vůbec jasné pro jaké vzorky, a co s nimi bylo prováděno. Kap. 4.2.2: Podmínky kultivace -není jasné jaké objemy byly využívány při kultivaci, a jak se při kultivaci postupovalo. Předpokládám, že se začínalo zkumavkou. Objemy, ve kterých pokusy probíhaly, nejsou uvedeny ani v dalších kapitolách zabývajících se kultivací. Na základě jakých zkušeností, experimentů či literárních údajů bylo navrženo složení kultivačních medií: str. 50-51? Jak byly isolovány extracelulární enzymy z plísní? V jakých koncentracích a s jakou aktivitou byly používány? Jaký smysl pro vlastní práci má přídavek mutagenu? Kap. 4.5.2: Jak dospěla disertantka k regresním rovnicím? Bylo-li medium pšeničná kaše, jak probíhalo spektrofotometrické měření? Všude v metodice chybí použité objemy či hmotnosti. Výsledky a diskuze. V kap. 5.1 postrádám vysvětlení proč u sledovaných kmenů kvasinek je zaznamenán dvoustupňový růst. Tato kapitola nemá diskuzi. Porovnání s jedním výsledkem ze stejné laboratoře není relevantní. Předpokládá se např. v odpadních jablečných slupkách vyšší koncentrace soli – osmotický stres? Jaký typ oxidačního stresu se předpokládá v odpadních surovinách? Stejné platí i o kovech. Jaké bylo procento přežívání po působení mutagenem u jednotlivých kmenů? Způsob jakým jsou tyto pokusy vyhodnoceny není správný. A proč se to vlastně dělalo? Byly mikroskopické snímky dělány ve stejné hodině růstu u všech kmenů kvasinek? Jak korelovala barva kultur na fotografiích s produkcí karotenoidů? Analýza DNA u kvasinek s ohledem na využití odpadního materiálu není smysluplná. Všechny fotografie PFGE jsou prakticky nepoužitelné. Poslední část naměřená v Lundu vůbec do disertační práce nepatří. Navíc není jasný podíl práce disertantky na uvedených výsledcích. I přesto, že doktorandka uvádí řadu metodik a výsledků, z celé práce mám dosti protichůdné pocity. Výsledků je mnoho, ale nedávají jasnou odpověď na jasně zadaný úkol. Spojená kapitola výsledky a diskuze zahrnuje řadu tabulek, grafů a fotografií, ale, dle mého soudu, méně by bylo více. Opravdová diskuze se v textu úplně ztrácí. Objevuje se vlastně až v Závěru, kam v žádném případě nepatří. Je to škoda, že autorka nevěnovala zpracování tolika, místy nehomogenních výsledků, větší pozornost. V závěru měla hlavně zdůraznit, které kvasinky a které odpadní substráty jsou nejvíce perspektivní z hlediska průmyslového využití. A k tomu diskutovat i další naměřené hodnoty. Pro celkové hodnocení práce disertantky mi jednoznačně chybí soupis publikací a presentací v průběhu PhD a její životopis. Moje doporučení práce k obhajobě je podmíněno předložením publikační aktivity disertantky. . V případě, že budou uspokojivě zodpovězeny mé dotazy a bude předložen soupis presentovaných výsledků, doporučím disertační práci Ing. Terezy Dvořákové dle § 27, odst. 4, zákona č.111/1998 Sb. O vysokých školách, přijmout k obhajobě a po jejím úspěšném obhájení doporučuji udělení akademického titulu PhD. V Praze dne 12.12. 2011. Prof. Ing. Kateřina Demnerová, CSc.
OPONENTSKÝ POSUDEK na doktorskou disertační práci zpracovanou na téma „Využití odpadních surovin k produkci obohacené kvasinkové biomasy“ Autor disertace: Ing. Terezie Starečková, roz. Dvořáková; FCH VUT v Brně Předložená disertační práce je zaměřena na vysoce aktuální problematiku využití odpadních surovin k produkci kvasinkové biomasy. Práce byla sepsána celkem na 156 stranách textu a je rozdělena do 6 hlavních kapitol, zahrnujících úvod, teorii, cíle disertační práce, experimentální část, výsledky a diskusi a závěry, kde je prezentován i seznam použité literatury a seznam použitých zkratek a symbolů. Kapitoly teorie, experimentální část a výsledky a diskuse jsou ještě rozčleněny na mnoho podkapitol. V práci postrádám seznam publikačních aktivit autorky disertace, i když ze seznamu literatury vyplývá, že spolupracovala s některými autory publikací s IF, v práci citovanými. Práce je sepsána v českém jazyce. Bohužel v této souvislosti musím konstatovat, že po stylistické stránce a čistotě textu nebylo věnováno úpravě disertační práce mnoho pozornosti. Interpunkční znaménka v některých případech chybí, jinde přebývají, některá slovní spojení a výrazy jsou zvláštní (str. 11 část věty …jakožto ekologicky šetrné – jedná se o předmět, nikoliv o podmět; str. 32 píše se, že izoprenové deriváty mohou být lineární, nebo na jednom i obou koncích cyklické – jak si to autorka disertace představuje?; str. 50 – věta úpravou pH pomocí H2SO4 na 4, 6 a 20 minutovým povařením nezní logicky; str. 52, 55, 57 nešlo by výrazy rozsuspenzovat a vortexovat nahradit jinými výrazy?; str. 57 „PCR běžela“; str. 75 lépe než za zdroj uhlíku by bylo vhodnější použít termín jako zdroj..; str. 100 lépe s co největší přesností než co s největší…apod.). V práci se také vyskytuje více překlepů, z nichž některé by bylo možné při kontrole pravopisu opravit (str. 26 vést x vézt, str. 41 scestoviny, str. 54 patří účinný, str. 66 patří nadprodukce, str. 82 metageneze místo mutageneze, str. 90 Petřino misky, str. 123 slektované mutanty místo selektované, str. 126 kavsinky místo kvasinky aj.). Tato pochybení pramení pravděpodobně z nepozornosti a neovlivňují obsahovou stránku předložené disertace. Za závažnější však považuji následující: 1.Nedodržování platné chemické nomenklatury: methan a methanol se píše s -h- ( str.9, 54, 100); rovněž ethanol a bioethanol se píše s -h- (14, 35, 54), stejně jako ether a diethylether, merkaptoethanol, polyethylenglykol, methansulfonová kyselina a TRIS (20, 46, 47, 55) – v některých případech je to však napsáno správně, zejména v kapitole závěry; správný význam zkratky EDTA je uveden v seznamu zkratek, v textu na str. 20 však ne; u sumárních chemických vzorců na str. 45 by měly být indexy dole a lithium-acetátová metoda se rovněž píše s -h-. 2.Který název metody je správný, spektrometrie nebo spektrofotometrie? 3.V seznamu literatury postrádám výčet některých autorů, kteří jsou v textu citováni – Šilhanová 1995, 2002 (13, 15, 16, 17, 18 a 24), Weber, Anke, Dávili 2007 (28), Andrewes 1976 a Enzyme information 2007. Rovněž citace v seznamu nejsou zcela v pořádku a jsou psány nejednotně; v některých případech jsou autoři napsáni velkými písmeny, v několika případech je velkým písmem uveden jen začátek jména; u knižních publikací a většiny monografií, diplomových a disertačních prací chybí počet stran. Také jsem toho názoru, že by měla autorka disertace čerpat více z časopisů než z knih, a to z časopisů pozdějšího data (2008 – 2011). 4.V cíli je uvedeno, že budou optimalizovány separační a analytické techniky – tuto oblast jsem však v práci nenašla. 5.Podíl teoretické části je v porovnání s praktickou části větší a autorka při jeho sepisování čerpala ve větší míře z knih, často i staršího data. Teoretická část je velmi rozvláčná, v některých případech jsou používány starší odborné pojmy, např. vyšší houby – jak by bylo možné tento termín nahradit? Proč se autorka disertace věnovala podrobně sekundárním metabolitům? Z rozvláčného textu to jednoznačně nevyplývá, možná by bylo vhodnější buď grafické nebo tabelární zpracování. Experimentální část je v některých částech příliš podrobná, jinde naopak chybí základní údaje, např. v případě separačních metod. Výsledky a diskuse jsou podrobně zpracovány, a to převážně do grafické formy. Velká spousta experimentálních dat by si zasluhovala sumární shrnující tabulku. Pro lepší interpretaci a zejména diskusi by bylo vhodné sumarizovat výsledky získané při řešení jednotlivých dílčích úkolů. I přes všechny tyto poznámky lze konstatovat, že v rámci experimentů bylo vykonáno mnoho práce, která jistě posune dopředu poznatky z dané oblasti. Lze se domnívat, že na tuto oblast budou navazovat další práce řešené v této oblasti pod vedením doc. RNDr. Ivany Márové, CSc. Pro zjištění a vysvětlení některých dílčích částí disertační práce by bylo vhodné, aby jmenovaná v rámci oponentního řízení odpověděla na tyto otázky: 1.Vysvětlete základní rozdíly mezi produkcí karotenoidů rostlinami a houbami. 2.Byly odpadní matrice vybírány cíleně, již na podkladě výsledků pilotních studií, nebo náhodně? Které odpadní materiály byste ještě doporučila využívat pro produkci obohacení kvasinkové biomasy? 3.Podkapitola vliv environmentálních stresových faktorů na růst karotenogenních kvasinek je podrobně zpracována, i když i v tomto případě chybí nějaký jednotící prvek, např. přehledná tabulka. Můžete ji připravit na vlastní oponenturu? 4.Lze Vámi použitou metodu doporučit jako vhodnou pro hodnocení produkce obohacené kvasinkové biomasy? Závěrem mohu konstatovat, že předložená disertační práce Ing. Terezy Starečkové, rozené Dvořákové, obsahuje velké množství výsledků, které mohou být prospěšné z hlediska praktického využití odpadních materiálů z potravinářského průmyslu. Jmenovaná musela pro splnění cílů zvládnout celou řadu různých metod, zejména z oblasti elektromigračních metod. Proto mohu říci, že autorka předložené disertace prokázala schopnost samostatně řešit i náročnou problematiku a proto doporučuji práci přijmout k obhajobě a po jejím úspěšném průběhu udělit jmenované hodnost Ph.D. prof. RNDr. Milada Vávrová, CSc.
Ing. Terezie Dvořáčková vypracovala disertační práci s názvem „Využití odpadních surovin na produkci obohacené kvasinkové biomasy“ na Ústavu chemie potravin a biotechnologií Chemické fakulty Vysokého učení technického pod vedením doc. Ing. Ivany Márové, CSc. Práce je psána v českém jazyce; vlastní práce zahrnuje celkem 156 stran textu. K práci nejsou přiloženy kopie publikovaných článků. Podstatnou část práce představuje část teoretická, která je zaměřena jak na vlastní charakterizaci kvasinek, tak na skupinu imperfektních kvasinkovitých organismů řazených do vesměs do umělé skupiny hub nedokonalých, imperfektních (Fungi imperfecti – Deuteromycota – Rhodotorula), s velmi často nejasnými teleomorfami, případně do hub stopkovýtrusných, opět s velmi často nejasným systematickým postavením. Definovány jsou rovněž cíle disertační práce, je představena experimentální část včetně použitých metodik a část výsledková, ve které jsou představeny dosažené výsledky. I přes výhrady konstatuji, že studentka prokázala tvůrčí schopnosti a práce splňuje požadavky kladené na tento typ práce v daném oboru. Proto ve smyslu platných předpisů Chemické fakulty VUT Brno doporučuji práci přijmout jako podklad pro udělení hodnosti Ph.D.
eVSKP id 42262