DAMBORSKÝ, P. Studium mikrobiální degradace materiálů na bázi polykaprolaktonu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2013.

Posudek vedoucího

Hermanová, Soňa

Student Pavel Damborský se v diplomové práci „Microbial degradation of polycaprolactone-based materials" zabýval zajímavou a aktuální problematikou biodegradací alifatických polyesterů a jejich kompozitů působením nepatogenní bakterie Bacillus subtilis. Během řešení zadání práce si úspěšně osvojil celou řadu základních i pokročilých experimentálních a analytických metod a absolvoval měsíční stáž na zahraničním pracovišti. Řada zajímavých výsledků práce přispívá k porozumění biodegradační aktivity mikroorganismů jak vůči alifatickým polyesterů majícím uplatnění v obalové technice tak vůči kompozitům s grafen oxidem. Celkově zadání práce bylo řešeno na mimořádně vysoké úrovni, množství i kvalita výsledků přesahují požadavky diplomové práce a svědčí o tvůrčím potenciálu studenta. Rovněž hodnotím velmi kladně zpracování práce v anglickém jazyce na velmi dobré úrovni. Student přistupoval k plnění zadání práce velmi aktivně, zodpovědně a samostatně.

Posudek oponenta

Stratilová, Eva

K predloženej diplomovej práci mám niekoľko otázok a pripomienok: 1. V literárnej časti sa píše o vylučovani EPS baktériami, ktoré tvoria biofilm. Kedže sa na stanovenie rastových kriviek používala metóda optickej denzitometrie/turbidity, bolo overené, že do média v priebehu rastu baktérie nie sú tiež vylučované EPS? V takomto pripade by totiž mohlo dôjsť k skresleniu výsledkov. 2. Kedze šlo o dlhodobé kultivácie, stanovoval sa priebežne pomer živých a mŕtvych buniek? Výsledky môžu byť ovplyvnené v dôsledku lýzy buniek, napr. nárast bielkovín ku koncu kultivácie (str. 49). 3. V obrázkoch (Obr. 23, 32, 46), kde je uvedený percentuálny váhový pokles PCL v priebehu degradácie nie je jasné, čo bolo považované za 100%. Prosim objasniť. 4. Boli stanovené niektoré charakteristické vlastnosti extracelulárnych lipáz Bacillus subtilis v médiu a zistilo sa, že ide o minoritné proteíny. Aké metódy by autor navrhol použiť na zakoncentrovanie proteínov z média a na ich purifikáciu pred elektroforézou? 5. V popiske Obr. 38 sa uvádza, ze bola použitá CBB detekcia a koncentrácia proteínov 100 mg/ml. Koncentrácia je údajne rovnaká ako v Obr. 39, ale už na pohľad je zrejmé, že tomu tak nie je. Naviac si dovolím podľa sfarbenia tvrdiť, že CBB bol detegovaný len štandard, vzorky sú farbené striebrom. Gél na Fig. 39 bol farbený striebrom celý. Prosim vysvetliť. V práci sa objavujú aj určité nedostatky, napr.: - čitateľ sa stratí v kvante používaných skratiek, pričom niektoré nie sú pri prvom použití vysvetlené v texte (napr. PLA), prip. chýbajú aj v Zozname skratiek (napr. CLSM, CFU, CBB...) - nedostatočné popisky obrázkov, napr. chýbajúce mierky (Obr. 1, 2), chýbajúce vysvetlenie skratiek v obrázku (Obr. 3) a ako som uz napísala, uvedenie, čo je 100% pre výpočet (Obr. 23, 32, 46) - do Tab. 1 by som doporučila vložiť pre prehľadnost aj GH, do ktorej enzýmy patria; v Tab. 2 nie sú vysvetlené pouzité indexy - do Teoretickej časti určite nepatrí výraz „we suggest” (str. 15) - Candida sp. nepatria medzi baktérie (str 24) - urcité nepresnosti ako napr. pH metre inoLab vyrába WTW, Merci ich len dodáva (str. 33) - kde je časť 2.6.3.1 (str 34)? - na str. 55 sú neočakávane dva obrázky v čestine - ten istý odstavec 2x (str 63) - Obr. 47 – prehľadnejsie by boli tri obrázky, každý s kontrolou a „21 dní“. Tak isto Obr. 48 a 49 by bolo lepšie dať do jedného obrázku A-D Záver: Napriek drobným nedostatkom predložená práca jednoznačne prevyšuje požiadavky kladené na diplomové práce. Autor preukázal schopnosti a talent vykonávať výskumnú prácu a preto dúfam, že sa jej bude venovať v budúcnosti formou doktorandského štúdia. I have a few questions and suggestions to the presented diploma thesis: 1. There is written about excretion of extracellular polysaccharides (EPS) by bacteria during biofilm formation in the Theoretical Part of work. The growth of Bacillus subtilis was monitored by measuring of the optical density/turbidity. Was it proven before experiments, that used strain does not excrete EPS during growth to the medium? According our experience this would significantly affect the results. 2. All results are discussed from the point of view of extracellular enzymes. But there can be observed a lysis of cell content to the medium during long-time cultivation. Was the ratio of living and death cells determined during cultivations? The lysis can cause for instance the increase of proteins in the end times of cultivation (page 49). 3. The percentage of weight loss of PCL is visualized in Figs. 23, 32, 46. Explain, please, what you used as 100%. It is not clear. 4. Some characteristic features of extracellular lipases were determined and the fact that they were minority enzymes was concluded. What methods would the author suggest for protein concentration and the purification of lipases before electrophoresis? 5. Fig. 38 shows CBB detection and concentration of proteins 100 mg/ml. The same concentration is shown in Fig. 39, but it can be seen from the intensity of bands that this is not fully true. Moreover, I would argue according to color of bands that only standard in Fig. 38 is detected by CBB, the rest bands were detected by silver-staining. Please, explain. There are also some shortcomings in this work for instance: - numerous abbreviations which are not explained in the text at their first use (as PLA) and some of them are not even mentioned in List of Abbreviations (as CLSM, CFU, CBB...) - insufficient description of figures, for instance missing scale (Fig. 1,2), missing explanation of abbreviations (Fig. 3) or as was mentioned before missing data for computation of percentage of weight loss of PCL (Figs. 23, 32, 46) - I recommend including GH families of listed enzymes in the Tab. 1, because they are closely connected with the structure; there is no explanation of indexes showed in Tab. 2 - expression „we suggest” does not suit to the Theoretical Part of work (page 15) - Candida sp. belongs between yeasts (page 24) - there are some inaccuracies, for instance inoLab pH meters are manufactured by WTW, Merci is only the supplier (page. 33) - where is the part 2.6.3.1 (page 34)? - abruptly there are two Figs in Czech on the page 55 - two times the same paragraph (page 63) - Fig. 47 – instead of two figures, three, each one with control and sample after 21 days would be clearer. Figs. 48 and 49 would be better as one figure A-D. Conclusion: Despite minor shortcomings presented work clearly exceeds the requirements for the diploma thesis. Author has demonstrated the ability and talent to carry out research work and therefore I hope he will continue in his professional carrier through doctoral studies.

eVSKP id 65191