Posudky závěrečné kvalifikační práce

Posudek vedoucího

Samek, Ota

Předložená práce se zabývá experimentálně náročnou a velmi aktuální oblastí směřující k mikrobiologickým a biotechnologickým aplikacím. Cílem experimentálního snažení je studium tvorby PHA v buňkách vybraných bakterií - Chelatococcus composti, Chelatococcus shambunathii, Aneurinibacillus. Studentka samostatně a velmi pozorně nastudovala aktuální literaturu. Velmi dobře zládla teoretickou a experimentální část. Experimenty byly časově limitované z důvodu pandemie. V práci jsou použity různé techniky - plynová chromatografie, Ramanova spektroskopie a třídička bakterií založená na Ramanovské spektroskopii. Což svědčí o schopnosti studentky využívat dostupné experimentální techniky, které mohou pomoci ke splnění daných cílů - výběru kandidátů s největším obsahem PHB. Velmi kladně hodnotím vyhodnocení/analýzu získaných dat (spekter) pomocí metody největších prvků (PCA) a experimentální použití "třídičky bakterií" za účelem třídění směsy různých bakterií. Experimentální výsledky v této oblasti je třeba brát jako samostatný tvůrčí příspěvek k dalšímu pokroku ve výběru analytických technik pro sledování produkce PHB v bakteriích. Přínosem jsou výsledky plynové chromatografie, které prokázaly obsah PHB v buňkách a umožnily srovnání s výsledky získané Ramanovou spektroskopií. Je zřejmé, že při řešení tématu studentka získala potřebné teoretické a experimentální znalosti k dalšímu rozvoji tohoto výzkumu. Z prezentace získaných výsledků je vidět, že studentka je schopná samostatně řešit experimentální a teoretické problémy. Studentka se svého úkolu zhostila se ctí a na velmi úrovní, a proto tuto práci hodnotím klasifikačním stupněm A-výborně

Dílčí hodnocení
Kritérium	Známka	Body	Slovní hodnocení
Kvalita zpracování výsledků	A
Interpretace výsledků, jejich diskuse	B
Závěry práce a jejich formulace	A
Celkový přístup k řešení úkolů	A
Využívání konzultací při řešení práce	B
Splnění požadavků zadání	A
Studium literatury a její zpracování	A
Využití poznatků z literatury	A

Navrhovaná známka: A

Posudek oponenta

Bernatová,, Silvie

Předložená bakalářská práce s názvem "Ramanova spektroskopie prokaryontních buněk" si dává za úkol získat Ramanovské signály z bakterií produkujících polyhydroxyalkanoáty (PHA) - materiály aspirující na částečné nahrazení plastů vyráběných petrochemickým průmyslem. Dále bylo cílem práce pomocí Ramanovských signatur příslušejících PHA vybrat vhodné bakteriální producenty PHA. Další experimentální činností studentky bylo pomocí optické manipulace vytřídit buňky produkující PHA od buněk neprodukujících PHA. Výsledky analýzy Ramanových spekter byly porovnány s výsledky z plynové chromatografie. Bakalářská práce studentky Pauly Večeríkové ukazuje, že se i přes ztížené podmínky velmi dobře zhostila experimentální činnosti a analýzy naměřených dat. Práce je členěna standardně na teoretickou a experimentální část, po které následují výsledky a diskuze. Výsledky měření jsou zpracovány svědomitě a pečlivě. Nalezla jsem zde několik drobných přehmatů jako uvádění různých počtů desetinných míst u odchylek, výsledek uvedený na vyšší počet desetinných míst než počet desetinných míst u odchylky atd. Velmi často také studentka některé silné tvrzení nepodloží referencí, i když jsem si jistá, že má literaturu velmi dobře nastudovanou. Výsledky jsou interpretovány přehledně a věcně. Jako slabinu této práce vidím malé propojení výsledků obou metod (Ramanova spektroskopie a plynová chromatografie) a stručné okomentování výsledků z analýzy hlavních komponent - PCA. I přes popsané nedostatky je práce na velmi dobré úrovni, studentce Paule Večeríkové navrhuji hodnocení B – velmi dobře. Při uspokojivém zodpovězení otázek komisi doporučuji i zvážení hodnocení A – výborně.

Dílčí hodnocení
Kritérium	Známka	Body	Slovní hodnocení
Splnění požadavků zadání	A
Logické členění práce	A
Kvalita zpracování výsledků	B
Interpretace výsledků, jejich diskuse	B
Využití literatury a její citace	B
Úroveň jazykového zpracování	A
Formální úroveň práce – celkový dojem	A
Závěry práce a jejich formulace	B

Navrhovaná známka: B

Otázky

1. Dle Vašich výsledků se Ramanova spektroskopie a plynová chromatografie shoduje u největšího producenta PHA – Chelatococcus shambunathi. Proč myslíte, že se neshodují u producenta s nejnižší tvorbou PHA?
2. Která z uvedených metod je dle Vašeho názoru přesnější?
3. V obr. 15 na straně 34 jsou tři PCA body (měření) s označením: série měření mutant úplně mimo klastr odpovídající komponentám mutanta a spíše se zdá, že jsou v klastru série komponent pro Cupriavidus necator H16. Můžete tento jev nějak okomentovat?
4. Na obr. 16 na straně 35 je PCA analýza jednoznačně určených bakterii C. necator/ mutant a neznámých buněk označených jako směs, několik PC komponent leží „mezi“ shluky pro C. necator H16 a mutanta. Můžete tento jev nějak okomentovat?