VENHUDOVÁ, A. Využití kvantitativního fMRI jako biomarkeru preklinického stádia demence s Lewyho tělísky [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Bakalářská práce studentky Anety Venhudové se zabývá srovnáním dvou přístupů zpracování multiecho fMRI dat, kdy jeden využívá fúze fMRI dat na základě kritéria a druhý kvantifikuje fMRI data do veličiny T2*. Vyhodnocení je provedeno vzhledem k řešení problému, který přístup vede k přesnější diskriminaci mezi skupinou participantů v prodromálním stádiu demence s Lewyho tělísky a skupinou zdravých kontrol dle parametrů dynamické funkční konektivity. Předzpracování každým z přístupů a výpočet parametrů dynamické funkční konektivity metodou plovoucího okna byly provedeny v laboratoři MAFIL na instituci CEITEC MU. Hlavním cílem bakalářské práce studentky bylo navrhnout a realizovat konkrétní postup použití parametrů dynamické funkční konektivity ke klasifikační analýze a tu vyhodnotit. Dalšími cíli bakalářské práce byla literární rešerši v oblasti této problematiky, vizualizace a statistický popis dodaných dat a vizualizace a diskuze výsledků klasifikační analýzy a řešení problému. Práce má 67 stran a vlastní text práce s obrázky (bez použité literatury) zaujímá 50 stran. Text práce je dobře strukturován a až na výjimky logicky uspořádán. Rešeršní část je psána tak, aby uvedla do problematiky i čtenáře, který není expertem v oboru. Výsledky jsou prezentovány odpovídajícími grafy a tabulkami a smysluplně umožňují čtenáři udělat si přehled o zdrojových datech i dosažených výsledcích. Jazyková úroveň práce je až na detaily v pořádku, v práci se v malé míře vyskytují překlepy a komplikovanější formulace, které by mohly být napsány srozumitelněji. Studentka v práci používá vhodnou odbornou literaturu a citace jsou používány odpovídajícím způsobem. Dosažené výsledky jsou zajímavé pro neurovědní komunitu a laboratoř CF MAFIL a najdou další praktické uplatnění při úpravě optimálního postupu zpracování multiecho fMRI dat a při řešení několika výzkumných projektů realizovaných na CEITEC MU. Studentka během práce využívala konzultace a byla při řešení práce aktivní. Výtku mám jen k tomu, že práce mohla být rozvržena během semestru rovnoměrněji. Cíle práce byly splněny a přes drobné nedostatky práci považuji za velmi zdařilou a navrhuji hodnocení známkou A.
Bakalářská práce se zabývá srovnáním dvou přístupů zpracování multi-echo fMRI dat a sice kombinace jednotlivých ech a odhadu parametru T2* na základě exponenciálního modelu poklesu měřeného MR signálu. Porovnání je realizováno na srovnání přesnosti diskriminační analýzy rozlišující zdravé kontroly od pacientů preklinického stádia demence s Lewyho tělísky. Práce má 67 stran, obsahuje elektronické přílohy (kód a uložené proměnné pro Matlab) a má 7 kapitol. První 4 jsou věnovány teoretické části, pátá kapitola obsahuje popis dat a jejich zpracování včetně návrhu programového řešení pro diskriminační analýzu, šestá kapitola popis výsledků a sedmá kapitola diskusi. Práce odpovídá požadavkům kladeným na bakalářskou práci a studentka splnila zadání bakalářské práce. Ve vlastní textu práce se občas objevují krkolomná vyjádření a drobné nepřesnosti. Např. v úvodu je zmíněno „fitování exponenciály na první tři získaná echa“, což navozuje mylný dojem, že další případná echa nebudou pro fitování využita. V kapitole 2.1 je uvedeno „Jádra s magnetickým momentem se po vystavení vnějšímu elektrickému poli chovají jako dipóly“. V dalších odstavcích se již správně uvádí vnější magnetické pole. V kapitole 2.1.1 je uvedeno „Termín pulzní sekvence vyznačuje sekvence RF pulzů“, ovšem jen s RF pulzy si žádná sekvence nevystačí a o pár řádků níže již studentka zmiňuje gradientní magnetické pole. Nepřesné je i vyjádření o tom, že čas TE bývá řádově tisíckrát kratší než TR. V kapitole 3.1.1. je uvedeno „korelace srovnává reálná data s předpokládanou sledovanou odezvu“, ovšem jelikož se jedná o podkapitolu zaměřenou na konektivitu, typicky analyzovanou z klidových fMRI dat, žádná předpokládaná odezva neexistuje. Korelují se signály v různých částech mozku (různých voxelech). V kapitole 4.4.4 je odkaz na chybějící obrázek s označením XX. V kapitole 5 by bylo vhodnější nejprve uvést způsob předzpracování dat (nyní v 5.3) a až posléze výsledky dynamické konektivity (5.2.). Navíc se zde i částečně vysvětluje teorie jednotlivých kroků, což mohlo být součástí přechozích teoretických kapitol. V diskusi jsou fúzovaná multi-echo data označena jen jako „tSNR data“. Pes občasné nepřesnosti, nejasnosti či krkolomné obraty hodnotím práci jako úspěšnou a doporučuji ji k obhajobě s hodnocením 87 bodů.
eVSKP id 159730