SCHNEIDEROVÁ, A. Vývoj komponent pro zpracování a vizualizaci proteomických dat v prostředí KNIME [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2020.
Bakalářská práce Anny Schneiderové se věnuje vývoji programových komponent pro zpracování a vizualizaci proteomických dat v prostředí KNIME. Studentka v teoretické části práce obsáhla odpovídajícím způsobem základy proteomických experimentů využívající hmotnostní spektrometrie (MS), proces získávání hmotnostně spektrometrických dat a také navazující biostatistické a bioinformatické zpracování dat. Nastudovala také platformu KNIME a programový docker kontejner s KNIME a dalšími aplikacemi, který v naší skupině používáme při vyhodnocování MS dat. Studentka postupovala samostatně a jen v závěru teoretické části bakalářské práce je patrná nižší hloubka provedené literární rešerše a práce tak v této části může působit útržkovitě. Před vypracováním vlastní komponenty pro vyhodnocování MS dat studentka zjišťovala zájem o zaměření a povahu nové komponenty ze strany uživatelů zmíněného docker kontejneru. Na základě tohoto dotazníku byl pro vývoj zvolen interaktivní Volcano plot. Studentka i v rámci praktické části práce postupovala samostatně a iniciativně, proaktivně diskutovala implementační detaily a aplikační souvislosti vyvíjené aplikace. Všechny body zadání bakalářské práce byly studentkou splněny. Hodnocení: 95b
Studentka Anna Schneiderová se zabývala vývojem komponenty pro vizualizaci proteomických dat v prostředí KNIME. Ve své práci nejprve představila proteomiku jako vědní obor, dále prezentovala analýzu požadavků na nové komponenty pro prostředí KNIME ve výzkumné skupině Zbyňka Zdráhala a na závěr popsala vytvoření komponenty (Volcano plot) pro vizualizaci proteomických dat. Text práce je v rozsahu 36 stran plus přílohy a obsahuje seznam 47 relevantních odborných pramenů. Po formální stránce je práce až na drobné detaily (např. zbytečně použité zkratky či přeložitelné anglické pojmy) kvalitně zpracována. Nicméně některé obrázky (především obr 1.1) jsou v nízké kvalitě a jejich popisky by zasloužily detailněji rozepsat. V první části práce autorka čtenáře uvádí obecně do problematiky proteomických dat včetně jejich získávání, zpracování a vizualizace. Tato část je dělena do pěti podsekcí. Ačkoliv je text v této části práce výstižný, bylo by zajímavé některé sekce doplnit o aktuálnější informace, neboť citované práce jsou spíše staršího charakteru, a uvést současné příklady využití proteomických dat. Ve čtvrté podsekci mi chybí porovnání KNIME s alternativními nástroji. Dále mi v teoretické části přijdou některé sekce nevhodně rozloženy. Například sekci popisující proces hmotnostní spektrometrie je věnován větší prostor než sekci o analýze nebo vizualizaci dat. V druhé části práce nás autorka seznamuje s analýzou požadavků na komponenty v KNIME. K tomuto nemám žádné výhrady. Ve třetí a čtvrté části se autorka dostává k samotné implementaci aplikace Volcano plot a na závěr představuje návrhy na rozšíření aplikace po konzultaci s možnými uživateli. V závěru mi chybí více vlastního zamyšlení a diskuze výhod a nevýhod použitých řešení. I přes moji zdánlivou kritiku práci hodnotím jako velmi zdařilou (především praktickou část) a doporučuji ji k obhajobě s hodnocením 95 bodů.
eVSKP id 126724