PORUBIAKOVÁ, O. Eukaryotické buněčné systémy a jejich biotechnologické využití [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2021.
Disertační práce Ing. O. Porubiakové předkládá kvalitně zpracovanou danou tématiku s přehlednou literární rešerší. Úvod zahrnuje tři hlavní kapitoly, ve kterých se studentka věnuje zejména popisu eukaryotických organismů používaných v biotechnologiích, nádorovému supresoru proteinu p53 a strukturám nukleových kyselin. Práce je koncipovaná jako sbírka publikací a komentovaných výsledků, přičemž naprostá většina výsledků již byla úspěšně publikována v zahraničních recenzních časopisech. Celkem se studentka spoluautorsky podílela na šesti publikovaných článcích. Studentka začala své PhD studium před 4 roky a hned po přijetí se velmi aktivně zapojila do chodu laboratoře. Velmi rychle se naučila nové techniky od bioinformatických analýz, přes biofyzikální metody až po molekulárně biologické metody - na kvasinkovém isogenním expresním systému a práci e eukaryotickými buněčnými kulturami. Studentka měla velmi pozitivní přístup k řešení problémů. Studentka často konzultovala své výsledky a prokazovala výjimečnou pracovní aktivitu jednak v rámci svého projektu, ale také významně asistovala studentům při práci na jejich bakalářských a diplomových pracích. Během jejího doktorského studia se potýkala i s celou řadou problémů, například hned po jejím odjezdu na plánovaný Erasmus pobyt došlo k uzavření zahraničního pracoviště a musela se vrátit zpět do České republiky. Nicméně i přes složitou situaci se jí nakonec podařilo realizovat osmiměsíční zahraniční pobyt na BOKU University ve Vídni, kde získala celou řadu nových zkušeností a velmi zajímavé výsledky v oblasti studia senescence a možností její regulace na primárních buněčných liniích. Výborně tak reprezentovala naši fakultu na prestižním zahraničním pracovišti. Kromě kvalitních publikací (např. v časopise International Journal of Molecular Ssiences, IF 5,9, Genomics IF 5,7, Gene IF 3,7 a dalších) prezentovala své výsledky také na několika mezinárodních konferencích. Závěrem shrnuji, že zadání disertační práce bylo splněno v plném rozsahu a lze tedy předloženou práci přijmout jako podklad pro obhajobu na FCH VUT v Brně. Na základě výše uvedených skutečností doporučuji, aby po úspěšné obhajobě byla uchazečce udělena vědecká hodnost doktor filozofie (Ph.D.).
Posudek oponenta na disertační práci Ing. Otílie Porubiakové Disertační práce Ing. Otílie Porubiakové je věnována studiu proteinu p53 a také DNA a nekanonickým strukturním motivům DNA. Zaměření práce je podle mého názoru velice zajímavé a originální, výsledky práce rozšiřují úroveň poznání především v oblasti pochopení distribuce a významu nekanonických DNA motivů čímž přispívají k rozvoji v oblasti molekulární biologie a biomedicíny, ale také otevírají nové obzory při studiu průmyslově a environmentálně významných mikroorganismů. Práce je koncipována jako komentář k publikacím uveřejněným v kvalitních impaktovaných časopisech. Práci je možné rozdělit do tří částí, první část poskytuje čtenáři teoretický úvod do problematiky, druhá část představuje stručný komentář shrnující nejvýznamnější výsledky a závěry a poslední část práce pak představují samotné publikace v přílohách. Práce je psána slovenským jazykem, osobně považuji text za zdařilý, dobře čitelný a srozumitelný. Celkově autorka čerpala z 264 literárních zdrojů, prakticky výhradně se jedná o publikace v zahraničních impaktovaných časopisech, které správně a úplně cituje. Tato skutečnost dokládá její schopnost kvalitní rešeršní práce a dobrou orientaci v dané problematice. Po formální stránce lze textu vytknout poněkud zmatečné číslování podkapitol a příloh v rámci kapitoly 3.2., samotné přílohy na konci práce pak nejsou číslovány vůbec, což komplikuje orientaci v textu. Kromě šesti již akceptovaných a publikovaných manuskriptů, které představují základ předložené práce, autorka ve své práci zmiňuje také čtyři publikační výstupy, které byly v době finalizace disertační práce ve fázi přípravy. Je na místě zmínit, že studentka v rámci kapitoly 3.2 kromě stručného popisu obsahu jednotlivých prací také poctivě popisuje svůj příspěvek a roli v rámci kolektivu autorů. Zatímco u řady akceptovaných prací byl autorský příspěvek studentky pravděpodobně spíše minoritní u tří ze čtyř doposud nepublikovaných manuskriptů je studentka prvoautorkou. Podle mého názoru měla tyto práce studentka poskytnout čtenáři alespoň ve formě manuskriptů, stručný popis experimentů a jejich výsledků v rámci kapitoly 3.2.3. není dostatečně informativní a podrobný, chybí mu širší diskuze v rámci stávajícího stavu poznání a osobně zde také postrádám popis provedených experimentů a použitých metod a protokolů. Stěžejní část práce představuje již několikrát zmíněná kapitola 3.2. ve které studentka na cca 15 stranách popisuje stěžejní výsledky svého experimentálního úsilí během doktorského studia. Text je sepsán srozumitelně a čitelně, bohužel se omezuje na prostý popis výsledků a závěrů. Osobně v něm významně postrádám snahu o propojení jednotlivých dílčích úkolů a také diskuzi v rámci širšího kontextu oboru a filozofie práce. Čtenář je především odkázán na jednotlivé separátní publikace v přílohách. Příležitost presentovat své výsledky s odstupem a nadhledem a zároveň je tvůrčím způsobem propojit tedy zůstala nevyužita. Na druhé straně je z předložené disertační práce patrné, že studentka v průběhu realizace své disertační práce dosáhla řady originálních a hodnotných výsledků, které posouvají úroveň lidského poznání především v oblasti molekulární biologie, mikrobiologie a biomedicíny. Je na místě konstatovat, že publikační aktivita studentky je nadstandardní a vysoce překračuje požadavky kladené na studentky doktorského studia na FCH VUT. Kvalitu a význam výsledků dokládá fakt, že publikace úspěšně prošly přísným recenzním řízením v prestižních časopisech. Uchazečka prokázala tvůrčí schopnosti v dané oblasti vědy a výzkumu a samotná disertační práce splňuje požadavky standardně kladené na disertační práce v daném oboru. Zejména tyto důvody mě vedou k závěru, že: DOPORUČUJI, aby po úspěšné obhajobě dizertační práce byl Ing. Otílii Porubiakové přiznán titul Ph.D.
Posudek na disertační práci Ing. Otílie Porubiakové Eukaryotické buněčné systémy a jejich biotechnologické využití Disertační práce byla vytvořena pod vedením doc. Mgr. Václava Brázdy, PhD., který je renomovaným odborníkem v oblasti studia struktury a funkce DNA a bioinformatických studií genomů. Působení disertantky pod tímto vedením zajišťuje aktuálnost zadaného tématu a současně i jeho mimořádný význam s ohledem na úzký vztah studia k rakovině, buněčnému stárnutí a obecně k možnosti ovlivňování genové exprese. To se týká jak anomálních strukturních motivů DNA, tak proteinu p53 a jeho analogů, které disertantka v průběhu svého postgraduálního působení studovala. Disertační práce je založena na šesti pracích publikovaných od roku 2019, přičemž u dvou je disertantka první autorkou (International J. of Molecular Sciences a BMC Genomics). (Sama uvádí svůj podíl na publikacích 30% a 25% a na dalších publikacích, kde není první autorkou, 10%.) Práce prošly recenzním řízením v příslušných časopisech a nemůže být tedy o jejich odpovídající kvalitě pochyb. Mně zbývá tedy hodnotit způsob a kvalitu prezentace předkládané disertační práce: Studentka se rozhodla zařadit do disertace všech šest publikovaných prací a doplnit je komentářem. Tento způsob psaní disertace považuji za nejrozumnější, i když ne nejsnazší. Předpokládá zjevný nadhled nad publikovanými pracemi, promyšlené shrnutí nejdůležitějších výsledků a způsobu jejich získání, případně zhodnocení jejich přínosu. Předkládané publikace jsou dost nesourodé, což principiálně není na závadu, spíše naopak, ovšem disertantka si tak připravila těžký úkol, jak nalézt jejich společného jmenovatele pro sepsání jednotlivých kapitol disertace. Prvním problémem je název disertace, který neodpovídá studovaným problémům, což je zřetelné již z Abstraktu. Důvodu ale rozumím. Disertantka řeší tuto skutečnost velmi pěkným oddílem, který nazývá Teoretická část (já bych ji spíše nazvala Úvod), ve které na sedmi stránkách popisuje eukaryotické organismy a jejich využití v biotechnologiích a výzkumu, dále nenásilně pokračuje částí (devět stran) věnovanou proteinu p53, jeho struktuře, funkci a jeho variantám. Tato část (stejně jako celá práce, je psána Slovenským jazykem) s úctyhodným počtem 198 citací, má jasnou, logickou linii, je psána hezkým slohem, nevyskytují se v ní anglikanismy či laboratorní slangové výrazy a nenašla jsem v ní ani jeden překlep. Text má hezkou úpravu a převzaté a upravené obrázky jsou řádně citovány. Poslední věta platí i pro následující podkapitolu popisující nekanonické struktury nukleových kyselin, která ovšem již není tak pěkná. Stejně jako zbytek práce, obsahuje hojně anglikanismy (kvadruplexy jsou formované, senescentně asociované [= související] markery, validácia, vizualizácia, …) chybné větné skladby (sekundární DNA struktury, což se v práci v různých obměnách vyskytuje často, … v blízkosti p53 cílové DNA sekvence, … – neshodný přívlastek musí být až za podstaným jménem, které rozvíjí), ale hlavně, nepřesné a chybné formulace (např. legenda k obrázku 12: Molární CD absorpční koeficient byl počítaný jako celková koncentrace DNA, … topologie přímo koreluje s konformačním stavem glykosidické vazby…, chyba v uvedení inter- /intra-molekulární G4). Cíle disertace jsou nekonkrétní. Cíle znamenají jasné vymezení řešených problémů. Každá z presentovaných publikací má přece nějaký cíl. Experimentální část začíná nezvykle seznamem publikovaných prací (P1-P6) (u P4 chybí citace) a dále nepublikovaných prací a přednášek. Komentář ke každé publikaci je nadepsán přeloženým názvem práce a na konci je vždy odkaz k přiložené publikaci, opět s plným anglickým názvem, ale s jiným číslem P. Souboru publikací opět předchází kompletní seznam přiložených prací (řazených chronologicky, tedy s jinými P). Komentáře jsou popisné, výsledky jsou uvedeny minoritně. Do Experimentální části jsou zahrnuty čtyři nepublikované práce. U tří z nich se disertantka uvádí jako první autorka. Zajímalo by mě, jak dalece jsou tyto práce již sepsány vzhledem k tomu, že obsahují velmi časté formulační nepřesnosti, chyby a hlavně jsou výrazně přeinterpretované. Při absenci citací, tedy jen na základě vlastní práce, činí disertantka příliš suverénní závěry. Dělání závěrů bez dostatečné experimentální podpory je velmi nebezpečné. Pro celou práci platí, že méně by bylo více. Závěr je opět příliš popisný na úkor jasně presentovaných výsledků. Přitom každá jedna práce s řádným uvedením cíle, výsledků a závěrů by byla pro disertaci postačující. Disertantka je nepochybně nadaná, pilná a zaujatá vědeckou prací. Svědčí o tom množství vědeckých problémů, které řešila nebo jejichž řešení se účastnila. Přes uvedené výtky k presentaci disertace jednoznačně konstatuji, že Ing. Otílie Porubiaková prokázala tvůrčí vědecké schopnosti a splnila, nebo spíš překročila, požadavky kladené na disertační práce ve studijním oboru Chemie a technologie potravin na FCH VUT. V Brně, 14. června 2022 Prof. RNDr. Michaela Vorlíčková, DrSc.
eVSKP id 143950