TESÁK, F. Profilování bakteriálního metylomu pomocí nanoporového sekvenování [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2025.
Předložená práce studenta Filipa Tesáka je přepracovanou prací neobhájenou v minulém ak. roce. První část práce sestávající z teoretické rešerše o významu metylací a metodách detekce metylovaných míst v DNA sekvenci je na kvalitní úrovni, podložená dostatečným množství hodnotných referencí z převážně zahraničních publikací. Tato část nevyžadovala přepracování a nemám k ní žádné výhrady. Oproti předchozí verzi je znatelné zlepšení ve dříve prakticky chybějící části analýzy a zpracování výsledků detekce metylace v bakteriálních genomech. Bohužel student svůj postup přepracování práce vůbec nekonzultoval a i přesto, že oceňuji jeho vysokou míru samostatnosti, dosažené výsledky klasifikace bakteriálních genomů na základě jejich metylačních profilů nejsou dostatečně vypovídající, ověřené ani řádně diskutované. Problém je v samotném návrhu klasifikace genomů pouze na základě genů rezistence a virulence, které se nevyskytují ve všech genomech. Výsledné dendrogramy tak vypovídají více o rezistenci/virulenci než o výskytu metylací. Samotná klasifikace bakterií měla být řešena celogenomově a poziční specificita výskytu metylačních míst na úrovni genů. Pochopení dosažených výsledků navíc značně komplikuje neodborné a nejednotné vyjadřování, kdy student zaměňuje pojmy jako je frekvence výskytu a pravděpodobnost, které mají navíc u různých nástrojů odlišný význam i obor hodnot. Průkaznost výsledků by podpořil i podrobnější popis použitých genomů, jejich sekvenčních typů a jejich předzpracování, např. kvalita sestavení, která je popsána jen sporadicky slovně a ukázkou jednoho grafu pro jeden genom Obr. 5.2. Je tak možné, že nízké počty detekovaných metylací, i podhodnocený výskyt genů rezistence/virulence mohli souviset právě s kvalitou genomových sestavení. Tyto a další úvahy nad nedosažením předpokládaných výsledků by měly být předmětem diskuse, která je ale v práci velmi minimalistická a zaměřená převážně na uživatelsky nepřívětivé prostředí jednotlivých nástrojů. Celkově tak hodnotím zadání práce na minimální úrovni jako splněné, je zde parné značné úsilí studenta splnit požadované body, přesto nedostatek zpětné vazby v průběhu řešení práce značně snižuje její přínos.
Souhrn: V původní verzi práce byl hlavní problém v nesplnění bodů 4-6 a chaotickému popisu od sekce 5.3. V této verzi je viditelný posun a dopracování. Kvalita a správnost tohoto zapracování bohužel přesvědčivé nejsou. Zadání tedy považuji za splněné značně pod rámec požadovaných standardů pro diplomové práce a navrhuji hodnocení E / 55 bodů. Detailní popis: Práce zůstala v podstatě beze změny do sekce 5.3, proto beze změny zůstává i hodnocení této části. Body 1-3 považuji za výborně splněné. Úprava práce je, kromě drobností (např. různé jazyky v obrázcích), na kvalitní úrovni. Výtku mám pouze k referencím - seznam literatury je řazen abecedně, a proto odkazy v textu neodpovídají standardu uvádění zdrojů vzestupně (první reference má č. 10, druhá 92). Celkově je postup řešení popsán srozumitelně, první část také detailně. Seznam výhod a omezení jednotlivých nástrojů v kapitole 4 je velmi přínosný. Začátek kapitoly 5 zůstal podrobný; z textu je patrné, že student věnoval velké úsilí (časové i psychické) instalaci nástrojů, což popsal v sekcích 5.3.X. Student přidal sekci 5.2 Prostredie, čímž nejspíše zapracovával výtku na chybějící specifikaci stroje, na který byly nástroje instalovány, což značně omezovalo využitelnost sdíleného postupu instalací. Nyní bohužel popsal postup spouštění úlohy v MetaCentru namísto specifikace stroje. Oceňuji ponechání detailně zpracovaných blokových schémat, naopak ponechání polemizování nad plynoucím časem a s ním zpřísňováním kritérií pro bioinformatické nástroje v sekci 5.3 neoceňuji. Nyní se v práci již vyskytuje detekce metylovaných pozic. Popis by ale mohl být důslednější - z textu vyplývá nedostatečné pochopení problematiky. Tabulky s výsledky např. obsahují beze změny výstupy z nástrojů, v čemž se čtenáři těžko orientuje. Alespoň přepásní názvů sloupců a odstranění nepodstatných sloupců by bylo vhodné. Student pro metylaci chtěl vyzkoušet tři nástroje, ale jak uvádí, u posledního neuspěl při instalaci. Popis a diskuse výsledků (sekce 5.4) byly sice výrazně přepracovány, nicméně nadále zůstává patrné nedostatečné porozumění problematice i samotnému zadání. Například jsou zde uvedeny čtyři grafy znázorňující výsledky jednoho nástroje při různých prahových hodnotách. Následně je zvolen jeden z těchto prahů, avšak bez jakéhokoli relevantního zdůvodnění. Lze se domnívat, že výběr byl proveden na základě nejvyššího počtu detekovaných metylovaných pozic, což však zdaleka nemusí odpovídat nejsprávnějším výsledkům. Teplotní mapy (obrázky 5.8 – 5.11), které demonstrují výstupy použitých dvou nástrojů, působí spíše matoucím než informativním dojmem. Výsledky jednotlivých nástrojů se výrazně liší, ovšem chybí k tomu jakýkoli komentář nebo interpretace. Vysvětlení těchto rozdílů i samotného významu map v práci chybí. Závěrečné využití metody UPGMA také postrádá objektivní zdůvodnění volby. Bod 6 včetně diskuse výsledků se opírá spíše o subjektivní hodnocení než o analýzu konkrétních dat.
eVSKP id 168264