FOLWARCZNÁ, T. Využití pokročilých molekulárně biologických technik pro detailní charakterizaci probiotických bakterií z doplňku stravy [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2023.

Posudek vedoucího

Smetana, Jan

Ve své diplomové práci se Bc. Tereza Folwarczná věnovala doplňkům stravy s deklarovaným obsahem probiotickým baktérií, jejichž přítomnost v experimentální části validovala pomocí molekulárně genetických technik. Ve výsledkové části přehledně prezentuje své výsledky založené na identifikaci mikroorganismů pomocí techniky polymerázové řetězové reakce v reálném čase (RT-PCR) a analýzám křivek tání (HRM). Studentka v průběhu praktické části práce zvládla úspěšně různé techniky extrakce DNA, optimalizoval protokol pro RT-PCR a osvojil si interpretaci výsledků HRM analýzy, která umožnuje druhovou identifikaci probiotických mikroorganismů. Studentka přistoupila k řešení práce zodpovědně a prokázala dobrou erudici ve studované problematice, díky které zvládala samostatně analyzovat a řešit problémy související s prací. Celkově hodnotím práci a přístup studentky jako výborný a hodnotím ji známkou A

Posudek oponenta

Trachtová, Štěpánka

Diplomová práce studentky Bc. Terezy Folwarczné je zaměřena na průkaz přítomnosti bakterií probiotického typu v komerčně dostupném doplňku stravy metodou polymerázové řetězové reakce v reálném čase. Cílem práce byl průkaz 3 rodů a 12 druhů probiotických bakterií ve výrobku s deklarovaným obsahem těchto mikroorganismů. Vzhledem k nejednotnostem ohledně kontroly kvality a kvantity výrobcem udávaných mikroorganismů v těchto typech výrobků na území Evropské unie se jedná o aktuální a zajímavé téma. V předložené práci se však vykytuje řada nedostatků, což snižuje její kvalitu. Pokud se nejprve budu věnovat formální stránce práce, tak obsahuje celou řadu překlepů, nepřesných formulací a stylistických chyb. Namátkou mohu jmenovat například, že názvy mikroorganismů a latinské názvy by měly být psány kurzívou, naopak zkratka subsp. označující poddruh mikroorganismu kurzívou psána není. Některé informace jsou v textu uváděny opakovaně např. na str. 11, 25. V textu často chybí odkazy na uvedené obrázky nebo tabulky, stejně tak jejich číslování neodpovídá, je posunuté. V textu se vyskytují chyby způsobené nepozorností autorky (opakování slov, chybějící slova ve větách, chyb v diakritice apod.). Domnívám se, že vetší pozornost by měla být věnována také používání a zejména vysvětlení uváděných zkratek, také je v textu jistá nejednotnost v jejich užívání, např. HMR i HRMA. Některé kapitoly jsou v teoretické části zbytečně věnovány problematice, která s tématem řešené práce souvisí pouze okrajově, např. v kapitole 2.7.4. Molekulární metody jsou rozsáhle komentované metody izolace DNA i technikami, které nebyly v práci použity. Netvrdím, že zmínit tyto techniky je chybou, jen se domnívám, že by byl dostačující menší rozsah. Například kapitola 2.7.5 je ve formě uvedené v práci podle mého názoru nadbytečná, zejména s ohledem na to, že většina textu je zaměřena na gelovou elektroforézu proteinů. Naopak mi trochu chybí popis právě molekulárně biologických metod vhodných pro identifikaci probiotik např. v komplexních vzorcích, případně nárokům kladeným na mikroorganismy, které mohou nést označení probiotika. Současně úroveň práce snižuje nesoustředěnost informací v jednotlivých kapitolách teoretické části práce. Myslím tím, že autorka často přeskakuje, aniž by dokončila původní „myšlenku“. Tato nejednotnost výkladu a návaznosti je viditelná například v kapitolách věnovaných PCR a HRM analýze. V praktické části práce chybí základní informace o testovaném výrobku – výrobce, charakter výrobku, deklarovaný obsah probiotik apod., původ mikroorganismů pro pozitivní kontrolu, postup přípravy pozitivních kontrol, jejich koncentrace v qPCR. Co se týká odborné stránky textu, největší problém spatřuji v tvrzení, že byla prováděna HRM analýza pomocí přístroje RotorGene 6000 (Corbett), protože na přístroji, který máme na ústavu není tato analýza podporována. Umožňuje pouze klasickou melt analýzu, která se liší citlivostí stanovení. Naopak přístroj LigtCycler NanoSoftware od firmy Roche tuto analýzu podporuje a proto výsledky, které byly dosaženy tímto měřením lze považovat vysokorozlišovací analýzu křivek tání. Není mi moc jasné, a v textu jsem nenalezla zdůvodnění, proč část analýz byla provedena na jednom přístroji a další na druhém. Současně musím také zmínit, že ani software přístroje LightCycler NanoSoftware ani RotorGene 6000 neprovádí statistické vyhodnocení výsledků, tak je obecně chápáno a autorka se na to odvolává v textu. I přes výše uvedené lze dosažené výsledky označit za vypovídající. Publikované výstupy ukazují, že autorka pracovala pečlivě a reprodukovatelně. Získané křivky melt analýzy produktů qPCR potvrzují průkaz cílových mikroorganismů v testovaném vzorku, přičemž u většiny analýz nedošlo k amplifikaci jiného než specifického produktu PCR s odpovídající teplotou tání. Výsledky studentka řádně okomentovala a shrnula v diskusi. Pro vypracování závěrečné práce studentka využila více než 100 informačních zdrojů, které lze označit za aktuální. Z převážné většiny se jedná o recenzované výstupy zahraničních autorů. Lze říci, že studentka splnila zadání závěrečné práce, proto i s ohledem na výše zmíněné doporučuji předloženou diplomovou práci k obhajobě. Na základě přepočtu hodnocení jednotlivých kritérií práci celkově hodnotím známkou dobře/C.

eVSKP id 148842