HORÁK, T. Příprava a charakterizace cílených mRNA/DNA transfekčních nanovektorů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2020.
Student vypracovával diplomovou práci ve velmi těsné kooperaci s laboratořemi Výzkumného ústavu veterinárního v Brně. Oceňuji, že se již při tvorbě zadání v srpnu minulého roku aktivně účastnil pilotních experimentů a problematiku ovlivnění buněk a tkání transfekčním procesem ještě před zadáním aktivně konzultoval a hledal propojení s klinickou praxí. Aktivita studenta během semestru byla nadstandardní, prováděl behěm dvou semestrů velmi dobrou rešeršní přípravu i práci experimentální, velmi oceňuji, že samostatně zvládl vyjednat zaškolení, lékařskou prohlídku a povolovací proces pro práci v laboratoři GMO Výzkumného ústavu veterinárního v Brně. Některé body zadání právě obsahovaly nastudování a osvojení si postupů v této specifické laboratoři, neboť některé typy analýz nelze realizovat v laboratořích VUT. I ve stížených podmínkách v části semestru (hlavně díky koronavirovým epidemickým opatřením a interním změnám na VUVeL Brno) také pronikl do odbornosti řady měřících technik a velmi dobře připravil podklad pro nyní finalizovanou publikaci. Cenné výsledky práce souvisí zejména s optimalizací a měřením navazování plasmidů na nanočástice respektive navazování plasmidů na liposomy. Student uvádí zejména finálnější experimenty, souhlasil jsem, že uvádění všech pilotních měření a předoptimalizačních experimentů by práci velmi znepřehlednilo. Formální úprava práce je mnoha parametrech dobrá, najdou se však i parametry ne zcela zvládnuté (například důsledné odkazování na obrázky v textech, zalamování obrázků a jejich popis). V kontextu hiearchie analýz a časté nutnosti paralelních experimentů (elektroforeza, rozptylové spektroskopie, elektronová mikroskopie, průtoková cytometrie) se student snažil o srozumitelnou prezentaci komplexních výsledků, je ale pravdou, že v některých pasážích je pro čtenáře návaznost a souvislost výsledků těžko pochopitelná a v některých popisech experimentů operuje s hodnotami a pojmy, které nelze dohledat ve vhodné teorii v úvodu a nejsou dobře na "první přečtení jasné" -například str 58: "...svou svítivostí buňky překonali mezní práh. Ten byl stanoven tak, aby byl větší než průměrná hodnota z kontrolní jamky (bez fluorescentních látek). To má za účel, aby reflektoval hodnotu autofluorescence pozadí. V jasovém rozmezí byl tedy stanoven na hodnotu 40 "zde je například absence definice intervalu hodnot 0-255 respektive typu obrazového souboru z mikroskopického snímání a prvočtenář může být zmaten. V některých pasážích jsou občas použita slova nevhodná pro odborný text (např. "zašpuntování"), respektive jsou věty až patologicky zestručněny bez dobré srozumitelnosti merita věci - například věty "Měří se jen úhel side scatter (iontový náboj)" nebo "...lze při sledování a vyhodnocování jednoduše aktivovat a deaktivovat barevné filtry v konfokálním mikroskopu". Jako vedoucí nevidím problém v rozsahu práce i splnění požadavku zadání. Vzhledem k nepřesnostem v popisech, nedovysvětlení návazností a formálním nedotažením některých pasáží navrhuji finální hodnocení C, pokud však oponentní hodnocení a komise bude požadovat přepis některých kapitol a zcela nové odevzdání práce, budu samozřejmě studentovi nápomocen tuto prezentační úroveň práce dofinalizovat a znovu ji obhájit.
V diplomové práci se student zabývá metodami transfekce a zaměřuje se na techniky přenosu DNA/RNA vektoru pomoci liposomů a magnetických nanočástic. V teoretické části práce popisuje tyto metody transfekce a analýzy pro hodnocení používaných částic. Použitá literatura je složena z relevantních zdrojů včetně zahraničních publikací. Po formální stránce vytýkám řadu nedostatku. Zarovnání některých obrázků přesahuje kraje textového pole. V popisu metodiky v kapitole č. 6.7 a 6.10 se vyskytuji obrázky bez podpisu. Chybějí odkazy na většinu obrázků. U obrázku č. 14 jsou použité nereprezentativní mikroskopické snímky buněk JSWII v horní časti. Obrázek č. 18 je nesrozumitelný. Styl čísel není dodržován (počet desetinných míst a anglický formát necelých čísel). Použita literatura není seřazena podle výskytu v textu práce. Seznam zkratek není kompletní. V seznamu obrázků a tabulek nejsou uvedeny stránky. Obsah kapitoly č. 6.3. v praktické části zřejmě patří do teoretické části. Odborná stránka práce je snížena řadou nedostatků. V praktické části se vyskytují zásadní chyby v popisu metod včetně výskytu pochybných kroku (zaměňují se pojmy, názvy buněk, použitých chemikálií a postupu). Například, izolace buněk se provádí pomoci akutázy, buňky se kultivuji ve fosfátovém pufru (PBS) nebo ve fetálním bovinním séru (FBS). Zkrátka PBS je uvedená chybně a zaměňuje se v textu s médiem a se sérem. Obrázky jsou popsané většinou neinformativně jak v názvech, tak v textu. Podle obrázku č. 24 není jasné, proč byla stanovena velikost nanočástic 30 nm. Použité fluorescenční značky a plasmidy občas nejsou identifikované, proto se v některých částech nedá najít souvislost. Postrádám ukázky vyhodnocení viability buněk a efektivity transfekce (hodnoty v tabulce č. 2, 3 a 7). Kapitoly v praktické časti jsou zmateně seřazené a popsané. V popisu práce se vyskytují neodborné výrazy. Praktická část obsahuje rozsáhlou fyzikálně-chemickou charakterizaci komplexu nanočástice + plasmid, přesto analýza komplexu lyposom + plasmid není kompletní. Z toho důvodu bod č. 4 v zadání diplomové práce považuji za nesplněný. Zadání diplomové práce obsahuje velmi rozsáhlou část práce v laboratoři, proto je pochopitelné, že student nezvládl zpracovat celý rozsah zadání. Nicméně vzhledem k uvedeným nedostatkům a hlavně z důvodu nesplněného zadání práci doporučuji k dopracování a hodnotím jako nevyhovující (F/45 bodů).
eVSKP id 126835