LORKOVÁ, E. Metody analýzy pangenomu u bakteriálních populací [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2022.
Studentka Ema Marta Lorková vypracovala bakalářskou práci na téma Metody analýzy pangenomu u bakteriálních populací. Práce obsahuje od úvodu po závěr 23 stran. Teoretická část práce se zabývá popisem bakterií, genomu a pangenomu. Následně jsou zde popsány 4 nástroje, které lze použít pro analýzu pangenomu. V praktické části studentka jednotlivé nástroje otestovala a popisuje zde, jaké požadují vstupy, jaké poskytují výstupy a zároveň zde vyhodnocuje i jejich výhody a nevýhody. Zde kladně hodnotím, že studentka otestovala čtyři nástroje místo požadovaných tří. Dále se zde snaží srovnat jednotlivé výstupy, tzn. zda nástroje identifikovaly stejné geny. Toto srovnání je však možné pouze u dvou nástrojů, jelikož u ostatních není možné výstupní seznam genů exportovat, což diskutuje i v nevýhodách nástrojů. V následující části je již navržen vlastní program get_pangenome pro analýzu pangenomu, který je poté otestován na zmenšeném datasetu kvůli časové náročnosti algoritmu. Nakonec jsou zde popsány získané výsledky a diskutovány možnosti zefektivnění algoritmu. Po formální stránce je práce na dobré úrovní, jen některé obrázky by mohly mít větší popisky. Studentka pracovala převážně samostatně a případné problémy konzultovala. Nicméně vzhledem k návrhu výpočetně náročného algoritmu ho nebyla schopná otestovat na stejném datasetu jako byl využit pro volně dostupné nástroje. Proto navrhla menší dataset, na kterém ukázala funkčnost programu a jeho výstupy. Z tohoto důvodu považuji poslední bod zadání za alespoň částečně splněný, práci doporučuji k obhajobě a hodnotím ji stupněm C/70 bodů.
Studentka Ema Marta Lorková se ve své práci zabývala vyhodnocením obsahu pangenomu u bakteriálních populací. Vypracovala k tomuto účelu přehlednou, i když poměrně stručnou literární rešerši, podloženou hodnotnými referencemi z převážně zahraničních časopiseckých publikací. I přes minimalistický styl autorky, považuji po odborné stránce tuto část práce jako hodnotnou, protože analýza pangenomu nemá v bioinformatice zcela jednotný standardizovaný postup a liší často i samotná definice pangenomu. Za velký přínos této práce pokládám zejména teoretické srovnání volně dostupných nástrojů pro analýzu pangenomu, které je v praktické části práce doplněné o reálné testování a vzájemné srovnání výstupů zvolených nástrojů. Druhá polovina praktické části práce je věnována návrhu a realizaci vlastního nástroje k analýze pangenomu. Ačkoliv samotný návrh principu sestavení pangenomu ve vytvořeném nástroji dává logicky smysl, zřejmě z důvodu špatné organizace času na práci již studentka nestihla realizovat dostatečnou optimalizaci nástroje. Ten je natolik výpočetně náročný, že nebylo možné jej použít na stejně rozsáhlý dataset jako na srovnávaných nástrojích. Studentka tedy přistoupila k testování vlastního programu na redukovaném datasetu, ale ani ten dále nijak nevyhodnocuje a nesrovnává s nástroji jiných autorů. Správnost sestaveného pangenomu tak není možné z práce ověřit. Formální stránka práce je na velmi dobré úrovni, vytýkám jen místy horší čitelnost popisků v některých obrázcích. Přestože považuji předloženou práci za velmi kvalitní, z výše popsaných důvodů nedostatečného vyhodnocení vlastní programové realizace studentky ji hodnotím pouze jako uspokojivou, stupněm D s celkovým počtem 65 bodů.
eVSKP id 142072