TKÁČ, J. Modelování dynamiky kalcia v excitabilních i neexcitabilních buňkách [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2011.
Student měl za úkol zabývat se na modelováním dynamiky vápníku v excitabilních i neexcitabilních buňkách a na základě dostupné literatury implementovat vybrané modely v prostředí Matlab. Teoretický úvod je zaměřen především na popis úlohy vápníku v organismu a jeho podílu na elektrofyziologii buněk. Je zpracován velmi dobře, kapitoly i odkazy na literaturu jsou relevatní, pouze postrádám náhradní elektrické schéma membrány a jeho popis, který je nutný pro pochopení principu modelování bioelektrických jevů. Praktická část práce zahrnuje realizaci dvou modelů srdeční komorové buňky – Luo-Rudy 1991 a Luo-Rudy 1994 a model beta-buňky slinivky břišní Bertram et al. z roku 2000. Pro poslední dva modely bylo vytvořeno GUI, které je kvalitně navrženo, je přehledné, intuitivní a velmi ulehčuje práci s danými modely. Výtku mám k implementaci modelu Luo-Rudy 1994. Tento model se podle zadané literatury nepodařilo zcela odladit a to především jeho klíčovou část – dynamiku intracelulárního vápníku. Autor byl nucen zvolit jiný přístup k popisu těchto kompartmentů, tento přístup je však v práci nedostatečně popsán a je to škoda. Uvítal bych i větší demonstraci některých fyziologických jevů na realizovaných modelech. Po formální stránce nemám k práci výtky. Student pracoval samostatně, výsledky své práce pravidelně konzultoval, nicméně kdyby bylo pracovní tempo studenta vyšší již od počátku, podařilo by se některé věci dotáhnout do zdárnějšího konce. Celkově však považuji výslednou práci za kvalitní a bez výraznějších výhrad ji doporučuji k obhajobě.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění zadání | B | 42/50 | |
| Formální zpracování práce | A | 20/20 | |
| Aktivita během řešení a zpracování práce (práce s literaturou, využívání konzultací, atd.) | C | 15/20 | |
| Využití literatury | A | 10/10 |
Student se zabýval modelováním dynamiky vápníku v excitabilních a neexcitabilních buňkách. V teoretické části se zabývá funkcí kalcia v organismu, souvisejícími elektrickými jevy na buňkách a způsobem jejich modelování. Popisuje dva modely, které pak prakticky realizuje v prostředí Matlab. Pro realizaci si vybral jeden model z kategorie excitabilních buněk a jeden model z řady neexcitabilních buněk. Pro samotné modelování vytvořil grafické prostředí, ve kterém jsou jednotlivé průběhy názorně zobrazeny, uživateli je umožněno nastavení stěžejních parametrů ovlivňující samotný model. Programové prostředí je velice dobře provedené a je dostatečně popsáno. V práci bych uvítal samostatnou kapitolu věnovanou porovnání vyhotovených modelů s modely z literatury, s uvedením úspěšnosti realizace modelů a diskusí. Po formální stránce je práce také kvalitní, za zbytečné však považuji členění do více hlavních kapitol, které jsou ve výsledku vesměs "jednostránkové". Celkově vzato je práce kvalitně provedená.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | 19/20 | |
| Odborná úroveň práce | A | 45/50 | |
| Interpretace výsledků a jejich diskuse | D | 13/20 | |
| Formální zpracování práce | B | 8/10 |
eVSKP id 39583